{"id":10648,"date":"2019-11-20T02:23:29","date_gmt":"2019-11-20T00:23:29","guid":{"rendered":"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/?p=10648"},"modified":"2020-05-06T06:55:16","modified_gmt":"2020-05-06T05:55:16","slug":"couleurs-ggplot-meilleures-astuces-que-vous-allez-adorer","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/fr\/blog\/couleurs-ggplot-meilleures-astuces-que-vous-allez-adorer\/","title":{"rendered":"Couleurs GGPlot: Meilleures Astuces que Vous Allez Adorer"},"content":{"rendered":"<div id=\"rdoc\">\n<p>Cet article pr\u00e9sente de multiples solutions int\u00e9ressantes \u00e0 conna\u00eetre pour changer les <strong>couleurs des graphiques<\/strong>.<\/p>\n<p>Lors de la cr\u00e9ation de graphiques avec le package R <em>ggplot2<\/em> , les couleurs peuvent \u00eatre sp\u00e9cifi\u00e9es soit par leur nom (ex. : \u201cred\u201d) soit par le code hexad\u00e9cimal (ex. : \u201c#FF1234\u201d).<\/p>\n<p>Il est \u00e9galement possible d\u2019utiliser des palettes de couleurs pr\u00e9d\u00e9finies disponibles dans diff\u00e9rents packages R, tels que : <em>viridis<\/em>, <em>RColorBrewer<\/em> et *ggsci.<\/p>\n<p>Dans ce tutoriel, vous apprendrez \u00e0:<\/p>\n<ul>\n<li><strong>Modifier les couleurs de ggplot en assignant une valeur de couleur unique<\/strong> aux fonctions g\u00e9om\u00e9triques (<code>geom_point<\/code>, <code>geom_bar<\/code>, `geom_line\u2019, etc). Vous pouvez utiliser des noms de couleur de R ou des codes de couleur hexad\u00e9cimaux.<\/li>\n<li><strong>D\u00e9finir la couleur d\u2019un ggplot par groupe<\/strong> (i.e.\u00a0par une variable factorielle). Ceci est fait en mappant une variable de groupement aux arguments <code>color<\/code> ou <code>fill<\/code>. Dans ce cas, nous allons montrer comment changer manuellement les couleurs par d\u00e9faut de ggplot2 en utilisant les fonctions suivantes <code>scale_color_manual()<\/code> and <code>scale_fill_manual()<\/code>. Ces fonctions permettent de d\u00e9finir une palette de couleurs personnalis\u00e9e pour chaque niveau de groupe.<\/li>\n<li><strong>Utilisez une liste de couleurs qui sont compatibles avec les daltoniens<\/strong>. Les packages R tels que <code>viridis<\/code> et <code>RColorBrewer<\/code> fournissent diff\u00e9rentes \u00e9chelles de couleurs qui sont r\u00e9sistantes au daltonisme.<\/li>\n<li><strong>Utiliser des palettes de couleurs ggplot pr\u00e9d\u00e9finies<\/strong>.<\/li>\n<li><strong>Changer la couleur d\u2019un d\u00e9grad\u00e9 de ggplot<\/strong> (aussi connu sous le nom de couleur continue). Pour cr\u00e9er un d\u00e9grad\u00e9 de couleur dans ggplot2, une variable continue est mapp\u00e9e aux options <code>color<\/code> or <code>fill<\/code>. Il existe trois types diff\u00e9rents de fonctions pour modifier le gradient de couleur par d\u00e9faut de ggplot2, notamment <code>scale_color_gradient()<\/code>,<code>scale_color_gradient2()<\/code>, <code>scale_color_gradientn()<\/code>. Les m\u00eames fonctions \u201cscale\u201d existent pour le <code>fill<\/code> arguments: <code>scale_fill_gradient()<\/code>, <code>scale_fill_gradient2()<\/code>, <code>scale_fill_gradientn()<\/code>. Nous allons d\u00e9crire \u00e9tape par \u00e9tape comment les utiliser.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Sommaire:<\/p>\n<div id=\"TOC\">\n<ul>\n<li><a href=\"#fonctions-cles-de-ggplot2\">Fonctions cl\u00e9s de ggplot2<\/a><\/li>\n<li><a href=\"#prerequis\">Pr\u00e9requis<\/a><\/li>\n<li><a href=\"#specifier-une-couleur-unique\">Sp\u00e9cifier une couleur unique<\/a><\/li>\n<li><a href=\"#changer-les-couleurs-par-groupes-couleurs-par-defaut-de-ggplot\">Changer les couleurs par groupes : couleurs par d\u00e9faut de ggplot<\/a><\/li>\n<li><a href=\"#definir-des-palettes-de-couleurs-personnalisees\">D\u00e9finir des palettes de couleurs personnalis\u00e9es<\/a><\/li>\n<li><a href=\"#utilisez-une-palette-adaptee-aux-daltoniens\">Utilisez une palette adapt\u00e9e aux daltoniens<\/a><\/li>\n<li><a href=\"#palettes-de-couleurs-ggplot-predefinies\">Palettes de couleurs ggplot pr\u00e9d\u00e9finies<\/a>\n<ul>\n<li><a href=\"#palettes-de-couleurs-viridis\">Palettes de couleurs Viridis<\/a><\/li>\n<li><a href=\"#palettes-rcolorbrewer\">Palettes RColorBrewer<\/a><\/li>\n<li><a href=\"#palettes-de-couleurs-grises\">Palettes de couleurs grises<\/a><\/li>\n<li><a href=\"#palettes-de-couleurs-pour-revues-scientifiques\">Palettes de couleurs pour revues scientifiques<\/a><\/li>\n<li><a href=\"#palettes-de-couleurs-wes-anderson\">Palettes de couleurs Wes Anderson<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><a href=\"#degrade-ou-couleurs-continues\">D\u00e9grad\u00e9 ou couleurs continues<\/a>\n<ul>\n<li><a href=\"#couleurs-ggplot-par-defaut-du-degrade\">Couleurs ggplot par d\u00e9faut du d\u00e9grad\u00e9<\/a><\/li>\n<li><a href=\"#fonctions-cles-pour-changer-les-couleurs-du-degrade-par-defaut\">Fonctions cl\u00e9s pour changer les couleurs du d\u00e9grad\u00e9 par d\u00e9faut<\/a><\/li>\n<li><a href=\"#definir-le-degrade-entre-deux-couleurs\">D\u00e9finir le d\u00e9grad\u00e9 entre deux couleurs<\/a><\/li>\n<li><a href=\"#definir-le-gradient-entre-n-couleurs\">D\u00e9finir le gradient entre n couleurs<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><a href=\"#conclusion\">Conclusion<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n<div class='dt-sc-hr-invisible-medium  '><\/div>\n<div class='dt-sc-ico-content type1'><div class='custom-icon' ><a href='https:\/\/www.datanovia.com\/en\/fr\/produit\/ggplot2-lessentiel-pour-une-visualisation-magnifique-des-donnees-dans-r\/' target='_blank'><span class='fa fa-book'><\/span><\/a><\/div><h4><a href='https:\/\/www.datanovia.com\/en\/fr\/produit\/ggplot2-lessentiel-pour-une-visualisation-magnifique-des-donnees-dans-r\/' target='_blank'> Livre Apparent\u00e9 <\/a><\/h4>GGPLOT2 - L\u2019Essentiel pour une Visualisation Magnifique des Donn\u00e9es dans R<\/div>\n<div class='dt-sc-hr-invisible-medium  '><\/div>\n<div id=\"fonctions-cles-de-ggplot2\" class=\"section level2\">\n<h2>Fonctions cl\u00e9s de ggplot2<\/h2>\n<p>Cette section pr\u00e9sente la fonction R cl\u00e9 de ggplot2 pour changer la couleur d\u2019un graphique.<\/p>\n<p>D\u00e9finir manuellement la couleur de ggplot:<\/p>\n<ul>\n<li><code>scale_fill_manual()<\/code> pour box plot, bar plot, violin plot, dot plot, etc<\/li>\n<li><code>scale_color_manual()<\/code> ou <code>scale_colour_manual()<\/code> pour les lignes et les points<\/li>\n<\/ul>\n<p>Utiliser les palettes colorbrewer:<\/p>\n<ul>\n<li><code>scale_fill_brewer()<\/code> pour box plot, bar plot, violin plot, dot plot, etc<\/li>\n<li><code>scale_color_brewer()<\/code> ou `scale_colour_brewer()\u2019 pour les lignes et les points<\/li>\n<\/ul>\n<p>Utiliser des \u00e9chelles de couleurs grises:<\/p>\n<ul>\n<li><code>scale_fill_grey()<\/code> pour box plot, bar plot, violin plot, dot plot, etc<\/li>\n<li><code>scale_colour_grey()<\/code> ou <code>scale_colour_brewer()<\/code> pour les points, lignes, etc<\/li>\n<\/ul>\n<p>Modifier la couleur par d\u00e9faut du d\u00e9grad\u00e9 du graphique ggplot:<\/p>\n<ul>\n<li><code>scale_color_gradient()``scale_fill_gradient()<\/code> pour les d\u00e9grad\u00e9s s\u00e9quentiels entre deux couleurs<\/li>\n<li><code>scale_color_gradient2()<\/code>, <code>scale_fill_gradient2()<\/code> pour les gradients divergents<\/li>\n<li><code>scale_color_gradientn()<\/code>, <code>scale_fill_gradientn()<\/code> pour le d\u00e9grad\u00e9 entre n couleurs<\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n<div id=\"prerequis\" class=\"section level2\">\n<h2>Pr\u00e9requis<\/h2>\n<ol style=\"list-style-type: decimal;\">\n<li>Charger le package ggplot2 et d\u00e9finir le th\u00e8me par d\u00e9faut:<\/li>\n<\/ol>\n<pre class=\"r\"><code>library(ggplot2)\r\ntheme_set(\r\n  theme_minimal() +\r\n    theme(legend.position = \"right\")\r\n  )<\/code><\/pre>\n<ol style=\"list-style-type: decimal;\" start=\"2\">\n<li><strong>Initialiser des ggplots<\/strong> en utilisant le jeu de donn\u00e9es <code>iris<\/code>. Cr\u00e9er un box plot (bp) et un diagramme de dispersion (sp, pour scatter plot) que nous personnaliserons dans la section suivante:<\/li>\n<\/ol>\n<pre class=\"r\"><code># Box plot\r\nbp &lt;- ggplot(iris, aes(Species, Sepal.Length))\r\n\r\n# Diagramme de dispersion\r\nsp &lt;- ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width))<\/code><\/pre>\n<\/div>\n<div id=\"specifier-une-couleur-unique\" class=\"section level2\">\n<h2>Sp\u00e9cifier une couleur unique<\/h2>\n<p>Colors in R can be specified either by name (e.g.: \u201cred\u201d) or by hexadecimal color codes, such as \u201c#FF1234\u201d. Vous trouverez de nombreux exemples de noms et de codes de couleurs \u00e0 l\u2019adresse suivante:<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/fr\/blog\/liste-geniale-de-657-noms-de-couleur-dans-r\/\">Liste G\u00e9niale de 657 Noms de Couleurs dans R<\/a><\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/fr\/blog\/liste-geniale-de-couleurs-hexadecimales-a-avoir\/\">Liste G\u00e9niale de Couleurs Hexad\u00e9cimales \u00e0 Avoir<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<p>Le script R suivant change la couleur de remplissage (dans les box plots) et la couleur des points (dans les diagrammes de dispersion).<\/p>\n<ul>\n<li>Utilisation de codes de couleur hexad\u00e9cimaux:<\/li>\n<\/ul>\n<pre class=\"r\"><code># Box plot\r\nbp + geom_boxplot(fill = \"#FFDB6D\", color = \"#C4961A\")\r\n\r\n# Diagramme de dispersion\r\nsp + geom_point(color = \"#00AFBB\") <\/code><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-color-names-1.png\" width=\"288\" \/><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-color-names-2.png\" width=\"288\" \/><\/p>\n<ul>\n<li>Utilisation des noms de couleurs<\/li>\n<\/ul>\n<pre class=\"r\"><code># Box plot\r\nbp + geom_boxplot(fill = \"lightgray\", color = \"black\")\r\n\r\n# Diagramme de dispersion\r\nsp + geom_point(color = \"steelblue\") <\/code><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-hexadecimal-colors-1.png\" width=\"288\" \/><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-hexadecimal-colors-2.png\" width=\"288\" \/><\/p>\n<\/div>\n<div id=\"changer-les-couleurs-par-groupes-couleurs-par-defaut-de-ggplot\" class=\"section level2\">\n<h2>Changer les couleurs par groupes : couleurs par d\u00e9faut de ggplot<\/h2>\n<p>Vous pouvez d\u00e9finir les couleurs en fonction des niveaux d\u2019une variable de regroupement par:<\/p>\n<ul>\n<li>Mappage de l\u2019argument <code>color<\/code> \u00e0 la variable d\u2019int\u00e9r\u00eat. Ceci s\u2019appliquera aux points, lignes et textes<\/li>\n<li>Mapper l\u2019argument <code>fill<\/code> \u00e0 la variable d\u2019int\u00e9r\u00eat. Ceci changera la couleur de remplissage des zones, telles que dans les box plots, les bar plots, les histogrammes, les diagrammes de densit\u00e9, etc.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Dans l\u2019exemple suivant, nous allons mapper les options <code>color<\/code> et <code>fill<\/code> \u00e0 la variable de groupement <code>Species<\/code>, pour le nuage de points et les box plots, respectivement.<\/p>\n<p>Modifie les couleurs par groupes en utilisant les niveaux de la variable `Species\u2019:<\/p>\n<pre class=\"r\"><code># Box plot\r\nbp &lt;- bp + geom_boxplot(aes(fill = Species)) +\r\n  theme(legend.position = \"top\")\r\nbp\r\n\r\n# Diagramme de dispersion\r\nsp &lt;- sp + geom_point(aes(color = Species)) +\r\n  theme(legend.position = \"top\")\r\nsp<\/code><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-default-colors-1.png\" width=\"336\" \/><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-default-colors-2.png\" width=\"336\" \/><\/p>\n<\/div>\n<div id=\"definir-des-palettes-de-couleurs-personnalisees\" class=\"section level2\">\n<h2>D\u00e9finir des palettes de couleurs personnalis\u00e9es<\/h2>\n<p>Il est possible de r\u00e9gler manuellement les palettes de couleurs \u00e0 l\u2019aide des fonctions suivantes:<\/p>\n<ul>\n<li><code>scale_fill_manual()<\/code> pour box plot, bar plot, violin plot, dot plot, etc<\/li>\n<li><code>scale_color_manual()<\/code> ou <code>scale_colour_manual()<\/code> pour les lignes et les points<\/li>\n<\/ul>\n<pre class=\"r\"><code># Box plot\r\nbp + scale_fill_manual(values = c(\"#00AFBB\", \"#E7B800\", \"#FC4E07\"))\r\n\r\n# Diagramme de dispersion\r\nsp + scale_color_manual(values = c(\"#00AFBB\", \"#E7B800\", \"#FC4E07\"))<\/code><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-custom-color-fill-color-manual-1.png\" width=\"336\" \/><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-custom-color-fill-color-manual-2.png\" width=\"336\" \/><\/p>\n<p>Vous pourriez aussi trouver int\u00e9ressant, la liste suivante de couleurs:<\/p>\n<pre class=\"r\"><code>custom.col &lt;- c(\"#FFDB6D\", \"#C4961A\", \"#F4EDCA\", \r\n                \"#D16103\", \"#C3D7A4\", \"#52854C\", \"#4E84C4\", \"#293352\")<\/code><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-custom-color-palettes-1.png\" width=\"480\" \/><\/p>\n<\/div>\n<div id=\"utilisez-une-palette-adaptee-aux-daltoniens\" class=\"section level2\">\n<h2>Utilisez une palette adapt\u00e9e aux daltoniens<\/h2>\n<p>Lors de la s\u00e9lection d\u2019un ensemble de couleurs, il est recommand\u00e9 de vous assurer que vous choisissez des palettes de couleurs r\u00e9sistantes au daltonisme. Dans les sections suivantes, nous vous montrerons comment v\u00e9rifier que vos figures en production sont compatibles avec les daltoniens.<\/p>\n<p>Nous pr\u00e9sentons ici deux palettes adapt\u00e9es aux daltoniens, l\u2019une grise et l\u2019autre noire (palettes source : <a class=\"uri\" href=\"http:\/\/jfly.iam.u-tokyo.ac.jp\/color\/\">http:\/\/jfly.iam.u-tokyo.ac.jp\/color\/<\/a>).<\/p>\n<pre class=\"r\"><code># La palette avec le gris:\r\ncbp1 &lt;- c(\"#999999\", \"#E69F00\", \"#56B4E9\", \"#009E73\",\r\n          \"#F0E442\", \"#0072B2\", \"#D55E00\", \"#CC79A7\")\r\n\r\n# La palette avec le noir:\r\ncbp2 &lt;- c(\"#000000\", \"#E69F00\", \"#56B4E9\", \"#009E73\",\r\n          \"#F0E442\", \"#0072B2\", \"#D55E00\", \"#CC79A7\")<\/code><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-colorblind-freindly-color-palette-1.png\" width=\"288\" \/><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-colorblind-freindly-color-palette-2.png\" width=\"288\" \/><\/p>\n<p>Vous pouvez utiliser ces palettes comme suit:<\/p>\n<pre class=\"r\"><code># Pour utiliser pour les remplissages, ajoutez\r\nbp + scale_fill_manual(values = cbp1)\r\n\r\n# Pour utiliser les couleurs de lignes et de points, ajoutez\r\nsp + scale_colour_manual(values=cbp1)<\/code><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-colorblind-freindly-color-palette2-1.png\" width=\"336\" \/><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-colorblind-freindly-color-palette2-2.png\" width=\"336\" \/><\/p>\n<\/div>\n<div id=\"palettes-de-couleurs-ggplot-predefinies\" class=\"section level2\">\n<h2>Palettes de couleurs ggplot pr\u00e9d\u00e9finies<\/h2>\n<p>Vous pouvez modifier les couleurs par d\u00e9faut de ggplot en utilisant des palettes de couleurs pr\u00e9d\u00e9finies disponibles dans diff\u00e9rents packages R. Les \u00e9chelles de couleurs les plus couramment utilis\u00e9es sont les suivantes:<\/p>\n<ul>\n<li>Echelles de couleurs Viridis [package <code>viridis<\/code>].<\/li>\n<li>Palettes Colorbrewer [package<code>RColorBrewer<\/code>]<\/li>\n<li>Palettes de couleurs grises [package <code>ggplot2<\/code>]<\/li>\n<li>Palettes de couleurs des revues scientifiques [package <code>ggsci<\/code>]<\/li>\n<li>Palettes de couleurs Wes Anderson [package <code>wesanderson<\/code>]<\/li>\n<\/ul>\n<p>Pour en savoir plus, consultez la page : <a href=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/fr\/blog\/top-palettes-de-couleurs-r-a-connaitre-pour-une-meilleur-visualisation-des-donnees\/\">Top Palettes de Couleurs R \u00e0 Conna\u00eetre pour une Meilleur Visualisation des Donn\u00e9es<\/a><\/p>\n<div id=\"palettes-de-couleurs-viridis\" class=\"section level3\">\n<h3>Palettes de couleurs Viridis<\/h3>\n<p>Le package R<code>viridis<\/code> fournit des palettes de couleurs pour cr\u00e9er de magnifiques graphiques qui sont : imprimables, uniformes au niveau de la perception et faciles \u00e0 lire pour les personnes daltoniennes. Fonctions cl\u00e9s <code>scale_color_viridis()<\/code> and <code>scale_fill_viridis()<\/code><\/p>\n<pre class=\"r\"><code>library(viridis)\r\n# Couleur d\u00e9grad\u00e9e\r\nggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width))+\r\n  geom_point(aes(color = Sepal.Length)) +\r\n  scale_color_viridis(option = \"D\")\r\n\r\n# Couleur discr\u00e8te. utiliser l'argument discrete = TRUE\r\nggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width))+\r\n  geom_point(aes(color = Species)) +\r\n  geom_smooth(aes(color = Species, fill = Species), method = \"lm\") + \r\n  scale_color_viridis(discrete = TRUE, option = \"D\")+\r\n  scale_fill_viridis(discrete = TRUE) <\/code><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-ggplot2-viridis-discrete-color-1.png\" width=\"336\" \/><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-ggplot2-viridis-discrete-color-2.png\" width=\"336\" \/><\/p>\n<\/div>\n<div id=\"palettes-rcolorbrewer\" class=\"section level3\">\n<h3>Palettes RColorBrewer<\/h3>\n<p>Le package RColorBrewer cr\u00e9e de jolies palettes de couleurs. Plus d\u2019informations ici : <a href=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/fr\/blog\/palette-de-couleurs-rcolorbrewer-de-a-a-z\/\">Palette de Couleurs RColorBrewer de A -\u00e0- Z<\/a><\/p>\n<p>Deux fonctions <code>scale<\/code> sont disponibles dans ggplot2 pour l\u2019utilisation des palettes <code>colorbrewer<\/code>:<\/p>\n<ul>\n<li><code>scale_fill_brewer()<\/code> pour box plot, bar plot, violin plot, dot plot, etc<\/li>\n<li><code>scale_color_brewer()<\/code> pour les lignes et les points<\/li>\n<\/ul>\n<p>Par exemple:<\/p>\n<pre class=\"r\"><code># Box plot\r\nbp + scale_fill_brewer(palette = \"Dark2\")\r\n\r\n# Diagramme de dispersion\r\nsp + scale_color_brewer(palette = \"Dark2\")<\/code><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-group-color-rcolorbrewer-1.png\" width=\"316.8\" \/><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-group-color-rcolorbrewer-2.png\" width=\"316.8\" \/><\/p>\n<p>Pour afficher les palettes \u201cbrewer\u201d adapt\u00e9es aux daltoniens, utilisez ce code R:<\/p>\n<pre class=\"r\"><code>library(RColorBrewer)\r\ndisplay.brewer.all(colorblindFriendly = TRUE)<\/code><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-rcolorbrewer-palettes-colorblind-friendly-1.png\" width=\"288\" \/><\/p>\n<\/div>\n<div id=\"palettes-de-couleurs-grises\" class=\"section level3\">\n<h3>Palettes de couleurs grises<\/h3>\n<p>Fonctions cl\u00e9s disponibles dans ggplot2:<\/p>\n<ul>\n<li><code>scale_fill_grey()<\/code> pour box plot, bar plot, violin plot, dot plot, etc<\/li>\n<li><code>scale_colour_grey()<\/code> pour des points, lignes, etc<\/li>\n<\/ul>\n<pre class=\"r\"><code># Box plot\r\nbp + scale_fill_grey(start = 0.8, end = 0.2) \r\n\r\n# Diagramme de dispersion\r\nsp + scale_color_grey(start = 0.8, end = 0.2) <\/code><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-scale-color-grey-1.png\" width=\"336\" \/><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-scale-color-grey-2.png\" width=\"336\" \/><\/p>\n<\/div>\n<div id=\"palettes-de-couleurs-pour-revues-scientifiques\" class=\"section level3\">\n<h3>Palettes de couleurs pour revues scientifiques<\/h3>\n<p>Le package R `ggsci\u2019 contient une collection de palettes de couleurs de haute qualit\u00e9 inspir\u00e9es des couleurs utilis\u00e9es dans les revues scientifiques, les packages de visualisation de donn\u00e9es, etc.<\/p>\n<p>Les palettes de couleurs sont fournies sous forme de fonctions \u201cscales\u201d dans ggplot2:<\/p>\n<ul>\n<li><code>scale_color_npg()<\/code> et <code>scale_fill_npg()<\/code> : Palettes de couleurs \u201cNature Publishing Group\u201d<\/li>\n<li><code>scale_color_aaas()<\/code> et <code>scale_fill_aaaas()<\/code> : palette de couleurs de \u201cAmerican Association for the Advancement of Science\u201d<\/li>\n<li><code>scale_color_lancet()<\/code> et <code>scale_fill_lancet()<\/code> : Palettes de couleurs du journal Lancet<\/li>\n<li><code>scale_color_jco()<\/code> et <code>scale_fill_jco()<\/code> : Palettes de couleurs du \u201cJournal of Clinical Oncology\u201d<\/li>\n<li><code>scale_color_tron()<\/code> et <code>scale_fill_tron()<\/code> : Cette palette s\u2019inspire des couleurs utilis\u00e9es dans \u201cTron Legacy\u201d. Il est appropri\u00e9 \u00e0 l\u2019affichage des donn\u00e9es lors de l\u2019utilisation d\u2019un th\u00e8me sombre.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Vous pouvez trouver d\u2019autres exemples dans les <a href=\"https:\/\/cran.r-project.org\/web\/packages\/ggsci\/vignettes\/ggsci.html\">vignettes des packages ggsci<\/a>.<\/p>\n<ol style=\"list-style-type: decimal;\">\n<li>Utilisation dans ggplot2. Nous utiliserons JCO et les palettes de couleurs \u201cTron Legacy\u201d.<\/li>\n<\/ol>\n<pre class=\"r\"><code>library(\"ggsci\")\r\n# Changer la couleur de remplissage de la zone \u00e0 l'aide de la palette jco\r\nbp + scale_fill_jco()\r\n\r\n\r\n# Changer la couleur du point \r\nsp + scale_color_jco()<\/code><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-ggsci-scientific-journal-color-palettes-1.png\" width=\"336\" \/><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-ggsci-scientific-journal-color-palettes-2.png\" width=\"336\" \/><\/p>\n<p>Pour en savoir plus, consultez la page : <a href=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/fr\/blog\/top-palettes-de-couleurs-r-a-connaitre-pour-une-meilleur-visualisation-des-donnees\/\">Top Palettes de Couleurs R \u00e0 Conna\u00eetre pour une Meilleur Visualisation des Donn\u00e9es<\/a><\/p>\n<\/div>\n<div id=\"palettes-de-couleurs-wes-anderson\" class=\"section level3\">\n<h3>Palettes de couleurs Wes Anderson<\/h3>\n<p>Il contient 16 palettes de couleurs des films de Wes Anderson.<\/p>\n<pre class=\"r\"><code>library(wesanderson)\r\nnames(wes_palettes)<\/code><\/pre>\n<pre><code>##  [1] \"BottleRocket1\"  \"BottleRocket2\"  \"Rushmore1\"      \"Royal1\"        \r\n##  [5] \"Royal2\"         \"Zissou1\"        \"Darjeeling1\"    \"Darjeeling2\"   \r\n##  [9] \"Chevalier1\"     \"FantasticFox1\"  \"Moonrise1\"      \"Moonrise2\"     \r\n## [13] \"Moonrise3\"      \"Cavalcanti1\"    \"GrandBudapest1\" \"GrandBudapest2\"<\/code><\/pre>\n<p>Les palettes de couleurs disponibles sont illustr\u00e9es dans le tableau ci-dessous :<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-wes-anderson-color-palettes-r-1.png\" width=\"480\" \/><\/p>\n<p>Vous pouvez utiliser les diff\u00e9rentes palettes comme couleurs discr\u00e8tes ou continues dans ggplot2, comme suit:<\/p>\n<pre class=\"r\"><code>library(wesanderson)\r\n# Couleur discr\u00e8te\r\nbp + scale_fill_manual(values = wes_palette(\"GrandBudapest1\", n = 3))\r\n\r\n# Couleur d\u00e9grad\u00e9e\r\npal &lt;- wes_palette(\"Zissou1\", 100, type = \"continuous\")\r\nggplot(heatmap, aes(x = X2, y = X1, fill = value)) +\r\n  geom_tile() + \r\n  scale_fill_gradientn(colours = pal) + \r\n  scale_x_discrete(expand = c(0, 0)) +\r\n  scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) + \r\n  coord_equal() <\/code><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-wes-anderson-color-palettes-r-ggplot2-1.png\" width=\"336\" \/><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-wes-anderson-color-palettes-r-ggplot2-2.png\" width=\"336\" \/><\/p>\n<p>Pour en savoir plus, consultez la page : <a href=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/fr\/blog\/top-palettes-de-couleurs-r-a-connaitre-pour-une-meilleur-visualisation-des-donnees\/\">Top Palettes de Couleurs R \u00e0 Conna\u00eetre pour une Meilleur Visualisation des Donn\u00e9es<\/a><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<div id=\"degrade-ou-couleurs-continues\" class=\"section level2\">\n<h2>D\u00e9grad\u00e9 ou couleurs continues<\/h2>\n<div id=\"couleurs-ggplot-par-defaut-du-degrade\" class=\"section level3\">\n<h3>Couleurs ggplot par d\u00e9faut du d\u00e9grad\u00e9<\/h3>\n<p>Pour les couleurs en d\u00e9grad\u00e9, vous devez mapper l\u2019argument <code>color<\/code> et\/ou <code>fill<\/code> \u00e0 une variable continue. Le r\u00e9glage par d\u00e9faut de ggplot2 pour les couleurs d\u00e9grad\u00e9es est une couleur bleue continue.<\/p>\n<p>Dans l\u2019exemple suivant, nous colorions les points en fonction de la variable: <code>Sepal.Length<\/code>.<\/p>\n<pre class=\"r\"><code>sp2 &lt;- ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width))+\r\n  geom_point(aes(color = Sepal.Length))<\/code><\/pre>\n<\/div>\n<div id=\"fonctions-cles-pour-changer-les-couleurs-du-degrade-par-defaut\" class=\"section level3\">\n<h3>Fonctions cl\u00e9s pour changer les couleurs du d\u00e9grad\u00e9 par d\u00e9faut<\/h3>\n<p>La couleur du d\u00e9grad\u00e9 par d\u00e9faut peut \u00eatre modifi\u00e9e \u00e0 l\u2019aide des fonctions ggplot2 suivantes:<\/p>\n<ul>\n<li><code>scale_color_gradient()``scale_fill_gradient()<\/code> pour les d\u00e9grad\u00e9s s\u00e9quentiels entre deux couleurs<\/li>\n<li><code>scale_color_gradient2()<\/code>, <code>scale_fill_gradient2()<\/code> pour les gradients divergents<\/li>\n<li><code>scale_color_gradientn()<\/code>, <code>scale_fill_gradientn()<\/code> pour le d\u00e9grad\u00e9 entre n couleurs<\/li>\n<\/ul>\n<\/div>\n<div id=\"definir-le-degrade-entre-deux-couleurs\" class=\"section level3\">\n<h3>D\u00e9finir le d\u00e9grad\u00e9 entre deux couleurs<\/h3>\n<p>Modifier les couleurs pour les extr\u00e9mit\u00e9s basse (<code>low<\/code>) et haute (<code>high<\/code>) du d\u00e9grad\u00e9:<\/p>\n<pre class=\"r\"><code># Sch\u00e9ma de couleurs s\u00e9quentielles. \r\n# Sp\u00e9cifiez les couleurs pour les extr\u00e9mit\u00e9s basse et haute du d\u00e9grad\u00e9\r\nsp2 + scale_color_gradient(low = \"blue\", high = \"red\")\r\n\r\n# Sch\u00e9ma de couleurs divergentes\r\n# Sp\u00e9cifiez \u00e9galement la couleur du point m\u00e9dian\r\nmid &lt;- mean(iris$Sepal.Length)\r\nsp2 + scale_color_gradient2(midpoint = mid, low = \"blue\", mid = \"white\",\r\n                            high = \"red\", space = \"Lab\" )<\/code><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-ggplot-color-gradient-using-scale_color_gradient-1.png\" width=\"355.2\" \/><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-ggplot-color-gradient-using-scale_color_gradient-2.png\" width=\"355.2\" \/><\/p>\n<div class=\"success\">\n<p>Notez que les fonctions <code>scale_color_continuous()<\/code> et <code>scale_fill_continuous()<\/code> peuvent \u00e9galement \u00eatre utilis\u00e9es pour d\u00e9finir les couleurs en d\u00e9grad\u00e9 ou gradient.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<div id=\"definir-le-gradient-entre-n-couleurs\" class=\"section level3\">\n<h3>D\u00e9finir le gradient entre n couleurs<\/h3>\n<p>Dans l\u2019exemple ci-dessous, nous allons utiliser la fonction de base R <code>rainbow()<\/code> pour g\u00e9n\u00e9rer un vecteur de 5 couleurs, qui sera utilis\u00e9 pour d\u00e9finir les couleurs du d\u00e9grad\u00e9.<\/p>\n<pre class=\"r\"><code>sp2 + scale_color_gradientn(colours = rainbow(5))<\/code><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.datanovia.com\/en\/wp-content\/uploads\/dn-tutorials\/ggplot2\/figures\/030-ggplot-colors-scale-color-gradient-between-multiple-colors-1.png\" width=\"384\" \/><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<div id=\"conclusion\" class=\"section level2\">\n<h2>Conclusion<\/h2>\n<p>Cet article pr\u00e9sente comment personnaliser les couleurs de ggplot. Les principaux points sont r\u00e9sum\u00e9s comme suit.<\/p>\n<ul>\n<li>Cr\u00e9er un ggplot de base. Affecter l\u2019argument <code>color<\/code> \u00e0 un facteur ou \u00e0 une variable de groupement.<\/li>\n<\/ul>\n<pre class=\"r\"><code>p &lt;- ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width))+\r\n  geom_point(aes(color = Species))\r\np<\/code><\/pre>\n<ul>\n<li>Changer manuellement la palette de couleurs \u00e0 l\u2019aide d\u2019une \u00e9chelle de couleurs personnalis\u00e9e:<\/li>\n<\/ul>\n<pre class=\"r\"><code>p + scale_color_manual(values = c(\"#00AFBB\", \"#E7B800\", \"#FC4E07\"))<\/code><\/pre>\n<ul>\n<li>Utilisez la palette conviviale pour les daltoniens:<\/li>\n<\/ul>\n<pre class=\"r\"><code>cbp1 &lt;- c(\"#999999\", \"#E69F00\", \"#56B4E9\", \"#009E73\",\r\n          \"#F0E442\", \"#0072B2\", \"#D55E00\", \"#CC79A7\")\r\np + scale_color_manual(values = cbp1)<\/code><\/pre>\n<ul>\n<li>Utiliser les palettes RColorBrewer:<\/li>\n<\/ul>\n<pre class=\"r\"><code>p + scale_color_brewer(palette = \"Dark2\")<\/code><\/pre>\n<ul>\n<li>Utiliser les \u00e9chelles de couleurs viridis:<\/li>\n<\/ul>\n<pre class=\"r\"><code>library(viridis)\r\np + scale_color_viridis(discrete = TRUE)<\/code><\/pre>\n<\/div>\n<\/div>\n<p><!--end rdoc--><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Cet article pr\u00e9sente de multiples solutions int\u00e9ressantes \u00e0 conna\u00eetre pour changer les couleurs des graphiques. 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