Visualisation des Données à l'Aide de GGPlot2

Fonctions R clés

• Fonction clé: geom_dotplot(). Crée des points empilés, chaque point représentant une observation.
• Arguments clés:
  • stackdir: la direction dans laquelle les points doivent être empilés. “up” (haut, par défaut), “down” (bas), center (centre), “centerwhole” (centré, mais avec des points alignés).
  • stackratio: à quelle distance empiler les points. La valeur par défaut est 1, où les points se touchent. Utilisez des valeurs plus petites pour des points plus proches et se chevauchant.
  • color, fill: Couleur des bordures des points et couleur de remplissage de la surface
  • dotsize: Le diamètre des points par rapport au binwidth, par défaut 1.

Préparation des données

• Données de démonstration: ToothGrowth
  • Variable continue : len (longueur des dents). Utilisé sur l’axe des y
  • Variable de regroupement : dose (doses de vitamine C : 0,5, 1 et 2 mg/jour). Utilisé sur l’axe des x.

Tout d’abord, convertir la variable dose d’une variable numérique en une variable discrète de groupes:

data("ToothGrowth")
ToothGrowth$dose <- as.factor(ToothGrowth$dose)
head(ToothGrowth, 4)

##    len supp dose
## 1  4.2   VC  0.5
## 2 11.5   VC  0.5
## 3  7.3   VC  0.5
## 4  5.8   VC  0.5

Chargement des packages R requis

Chargez le package ggplot2 et mettez le thème par défaut à theme_classic() avec la légende en haut du graphique:

library(ggplot2)
theme_set(
  theme_classic() +
    theme(legend.position = "top")
  )

Dot plots basiques

Nous commençons par initier un graphique nommé e, puis nous allons ajouter des couches. Le code R suivant crée des pointillés combinés avec des statistiques descriptives (moyenne +/- SD), des boxplots et des violin plots.

# Initialiser un ggplot
e <- ggplot(ToothGrowth, aes(x = dose, y = len))

# Dotplot avec statistiques descriptives : moyenne +/- SD
e + geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "center", fill = "lightgray") + 
  stat_summary(fun.data = "mean_sdl", fun.args = list(mult=1))

# Dot plots combinées avec des box plots
e + geom_boxplot(width = 0.5) + 
  geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "center", fill = "lightgray") 

# Dot plot + Violin plot + statistiques descriptives
e + geom_violin(trim = FALSE) +
  geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', fill = "#999999") +
  stat_summary(fun.data="mean_sdl",  fun.args = list(mult=1))

Créer un dot plot avec plusieurs groupes

Deux variables de regroupement différentes sont utilisées : dose sur l’axe des x et supp pour la couleur (variable de la légende).

L’espace entre les graphiques groupés est ajusté à l’aide de la fonction position_dodge().

# Changer la couleur de remplissage des points par groupes
e + geom_boxplot(width = 0.5) +
  geom_dotplot(aes(fill = supp), binaxis='y', stackdir='center')+
  scale_fill_manual(values = c("#00AFBB", "#E7B800"))

# Modifier la position : intervalle entre les dot plots d'un même groupe
e + geom_boxplot(aes(color = supp), width = 0.5, position = position_dodge(0.8)) +
  geom_dotplot(aes(fill = supp, color = supp), binaxis='y', stackdir='center', 
               dotsize = 0.8,position = position_dodge(0.8))+
  scale_fill_manual(values = c("#00AFBB", "#E7B800"))+
  scale_color_manual(values = c("#00AFBB", "#E7B800"))

Conclusion

Cet article décrit comment créer un graphique de points à l’aide du package ggplot2.