Comparaison de Deux Moyennes dans R

Test des Signes dans R

Le test des signes est utilisé pour comparer les médianes des observations appariés. C’est une alternative au test t pour échantillons appariés (Chapitre @ref(t-test)) et au test des rangs signés de Wilcoxon (Chapitre @ref(wilcoxon-test)) dans le cas où la distribution des différences entre les valeurs des données appariées n’est ni normale (dans le test t) ni symétrique (dans le test de Wilcoxon).

Notez que le test des signes ne fait pas d’hypothèses sur la distribution des données. Cependant, il sera probablement moins puissant que le test de Wilcoxon et le test t.

Par conséquent, si la distribution des différences entre les deux groupes appariés est symétrique, vous pourriez envisager d’utiliser le test de Wilcoxon qui est plus puissant comparé au test des signes.

Dans ce chapitre, vous apprendrez comment calculer le test des signes pour échantillons appariés en utilisant la fonction R sign_test() [paquet rstatix].



Sommaire:

Livre Apparenté

Pratique des Statistiques dans R II - Comparaison de Groupes: Variables Numériques

Prérequis

Assurez-vous d’avoir installé les paquets R suivants:

  • tidyverse pour la manipulation et la visualisation des données
  • ggpubr pour créer facilement des graphiques prêts à la publication
  • rstatix offre des fonctions R conviviales pour des analyses statistiques faciles à réaliser
  • datarium: contient les ensembles de données requis pour ce chapitre

Commencez par charger les packages requis suivants:

library(tidyverse)
library(rstatix)
library(ggpubr)

Données de démonstration

Ici, nous utiliserons un jeu de données de démonstration mice2 [package datarium], qui contient le poids de 10 souris avant et après le traitement.

# Données larges
data("mice2", package = "datarium")
head(mice2, 3)
##   id before after
## 1  1    187   430
## 2  2    194   404
## 3  3    232   406
# Transformez en données longues : 
# rassembler les valeurs de `before` (avant) et `after` (après) dans la même colonne
mice2.long <- mice2 %>%
  gather(key = "group", value = "weight", before, after)
head(mice2.long, 3)
##   id  group weight
## 1  1 before    187
## 2  2 before    194
## 3  3 before    232

Hypothèses statistiques

Le test des signes pour échantillons appariés permet d’évaluer si la médiane des différences entre les paires est statistiquement significativement différente de 0.

  • Hypothèses nulles, H0 : médiane des différences appariées = 0
  • Hypothèses alternatives, Ha : la médiane des différences appariées est différente de 0

Statistiques descriptives

Calcul de certaines statistiques sommaires par groupes : médiane et intervalle interquartile (IQR).

mice2.long %>%
  group_by(group) %>%
  get_summary_stats(weight, type = "median_iqr")
## # A tibble: 2 x 5
##   group  variable     n median   iqr
##   <chr>  <chr>    <dbl>  <dbl> <dbl>
## 1 after  weight      10   405   28.3
## 2 before weight      10   197.  19.2

Visualisation

bxp <- ggpaired(mice2.long, x = "group", y = "weight", 
         order = c("before", "after"),
         ylab = "Weight", xlab = "Groups")
bxp

Calculs

Question : Y a-t-il des changements significatifs dans le poids des souris après le traitement ?

stat.test <- mice2.long  %>%
  sign_test(weight ~ group) %>%
  add_significance()
stat.test
## # A tibble: 1 x 9
##   .y.    group1 group2    n1    n2 statistic    df       p p.signif
##   <chr>  <chr>  <chr>  <int> <int>     <dbl> <dbl>   <dbl> <chr>   
## 1 weight after  before    10    10        10    10 0.00195 **

Rapporter

Nous pourrions présenter les résultats comme suit:

Le poids médian des souris avant le traitement est significativement différent du poids médian après le traitement en utilisant le test des signes, p-value = 0,002.

stat.test <- stat.test %>% add_xy_position(x = "group")
bxp + 
  stat_pvalue_manual(stat.test, tip.length = 0) +
  labs(
  subtitle = get_test_label(stat.test, detailed= TRUE)
  )

Résumé

Ce chapitre décrit comment calculer et rapporter le test des signes dans R.



Version: English

Test de Wilcoxon dans R (Prev Lesson)
Back to Comparaison de Deux Moyennes dans R

No Comments

Give a comment

Want to post an issue with R? If yes, please make sure you have read this: How to Include Reproducible R Script Examples in Datanovia Comments

Course Curriculum

Teacher
Alboukadel Kassambara
Role : Fondateur de Datanovia
Read More