Données génomiques en R

Manipulez des données génomiques en R et Bioconductor — représentez des intervalles génomiques avec GRanges, visualisez le long des coordonnées chromosomiques avec Gviz et ggbio, et contrôlez la qualité des reads de séquençage bruts avec fastqcr. Des recettes pratiques pour la génomique à l’échelle du génome.

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La génomique travaille à l’échelle du génome — intervalles sur les chromosomes, reads alignés sur des coordonnées, pistes empilées le long d’un locus. Cette série couvre les outils R et Bioconductor pour cette échelle : la structure de données GRanges qui représente les intervalles génomiques, les packages Gviz et ggbio qui produisent des figures façon navigateur de génome, et fastqcr pour contrôler la qualité des reads de séquençage bruts avant que tout commence.

• Représenter les intervalles génomiques — GRanges et GRangesList, chevauchements et couverture.
• Contrôler la qualité des reads bruts — agréger et lire les rapports FASTQC (contrôle qualité) avec fastqcr.
• Visualiser le long du génome — pistes d’annotation, d’idéogramme, de modèle de gène et de données avec Gviz et ggbio.

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