Alboukadel Kassambara
Computerbiologe und Experte für Datenwissenschaft
Entdecken Sie die Reise von Alboukadel Kassambara, einem führenden Experten für Computerbiologie, der fortschrittliche Datenwissenschaft, maschinelles Lernen, Bioinformatik und Biostatistik miteinander verbindet, um Innovationsforschung, Biomarker-Entdeckung, Präzisionsmedizin und frei zugängliche Lernressourcen voranzutreiben.
Berufliches Profil
Alboukadel Kassambara, PhD, ist ein führender Computerbiologe und Datenwissenschaftler mit mehr als einem Jahrzehnt Erfahrung in der Entwicklung von Bioinformatik-Pipelines, maschinellem Lernen, Biostatistik und Multi-omics-Datenintegration.
Seine Arbeit konzentriert sich auf die Umwandlung umfangreicher biologischer und klinischer Daten in verwertbare Erkenntnisse, die die Entdeckung von Biomarkern, die Prognosemodellierung und digitale Pathologieanwendungen in der Präzisionsmedizin vorantreiben.
Als Gründer von datanovia.com und STHDA.com engagiert sich Alboukadel für die Demokratisierung der Datenwissenschaft durch Open-Source-Tools und umfassende Lernressourcen.
Kernkompetenz
Technische Fähigkeiten
- Automatisierung von Bioinformatik-Workflows und reproduzierbare Pipelines
- KI und maschinelles Lernen angewandt auf Genomik, Transkriptomik und digitale Pathologie
- Räumliche Analytik und KI-gestützte digitale Pathologie für die Erstellung von Immunprofilen und die Entdeckung von Biomarkern
- Entdeckung von Biomarkern in der Immuno-Onkologie und Integration von Multi-omics-Daten
- Prognostische und prädiktive Modellierung von Signaturen
- Biostatistische Analyse und Visualisierung
- Leitung und Betreuung von funktionsübergreifenden wissenschaftlichen Teams, einschließlich KI-Ingenieuren und Bioinformatikern
Beruflicher Werdegang
Derzeitige Rolle
Associate Director, Computational Biology bei Veracyte (2023 - heute)
- Leitung von KI/Maschinenlernen-getriebener Entdeckungsforschung
- Entwicklung von prädiktiven Biomarker-Signaturen für die Patientenstratifizierung
- Implementierung von Deep-Learning-Modellen zur Vorhersage der Immuninfiltration
- Betreuung fachübergreifender computergestützter Biologieprojekte
Bedeutende Errungenschaften
- Schaffung eines Rahmens für die Integration von Multi-omics-Daten zur Patientenstratifizierung und Prognosemodellierung
- Entwicklung robuster prognostischer cfRNA-Signaturen für die klinische Entscheidungsfindung
- Mitentwicklung der patentierten Methode Immunoscore-IC (US20250035635A1)
- Vorhersage der Immuninfiltration (Immunoscore-AI) bei Brustkrebs mittels Deep Learning
- Mündlicher Vortrag auf dem European Congress of Digital Pathology (ECDP) 2024 über interpretierbare KI und Immunoscore-KI
Akademischer Hintergrund
- PhD in Krebsbiologie & Bioinformatik (2007-2011)
- INSERM, Montpellier, Frankreich
- Spezialisiert auf die Ermittlung von Biomarkern und potenziellen therapeutischen Zielen beim Multiplen Myelom
- MSc in Gesundheit und Biologie (2005-2007)
- Universität Joseph Fourier, Grenoble, Frankreich
Open-Source-Beiträge
Alboukadel leistet einen wichtigen Beitrag zum Ökosystem der R-Programmierung und ist der Begründer vieler weit verbreiteter Open-Source-Tools:
ggpubr
Erstellen Sie publikationsreife Diagramme mit minimalem Code
factoextra
Rationalisierung der multivariaten Datenanalyse und -visualisierung
survminer
Verbessern Sie die Überlebensanalyse mit eleganten Visualisierungen
rstatix
Durchführen statistischer Tests mit einer konsistenten, pipe-freundlichen Syntax
Auswirkungen der Forschung
- Über 40 begutachtete Veröffentlichungen (ResearchGate)
- 4 Patente in der Biomarkerforschung und Immuntherapie (Google Patents)
- Hauptredner auf internationalen Konferenzen, darunter der European Congress of Digital Pathology (ECDP2024)
Ausgewählte Publikationen
Zu Alboukadels wissenschaftlichen Beiträgen gehören wichtige Veröffentlichungen an der Schnittstelle von Immuno-Onkologie, Multi-omics-Datenintegration, Transkriptomik und Krebsbiologie.
- Immunoscore Immun-Checkpoint und Vorhersage der Wirksamkeit von Immuntherapien bei NSCLC. EBioMedicine, 2023. Den Artikel anzeigen
- Tumor-Lymphozyten-Infiltration und Immun-Checkpoint-Inhibitoren bei metastasiertem Darmkrebs (AtezoTRIBE-Studie). Journal for Immunotherapy of Cancer, 2023. Den Artikel anzeigen
- Upfront FOLFOXIRI plus Bevacizumab mit oder ohne Atezolizumab bei metastasiertem Kolorektalkarzinom (AtezoTRIBE Phase 2 Studie). The Lancet Oncology, 2023. Den Artikel anzeigen
- Veracyte Biopharma Atlas: maschinelles Lernen zur Erfassung des Immunitätskontextes von Tumoren. Cancer Research, AACR Poster, 2023. Den Artikel anzeigen
- RNA-Seq-basierter prognostischer Score beim multiplen Myelom. Journal of Personalized Medicine, 2021. Den Artikel anzeigen
- Mutationslandschaft in Zelllinien des Multiplen Myeloms. Theranostics, 2019. Den Artikel anzeigen
- Die datengestützte RNA-Sequenzierung der menschlichen Plasmazelldifferenzierung enthüllt neue potenzielle Transkriptionsregulatoren. Frontiers in Immunology, 2018. Den Artikel anzeigen
- miRNA und Transkriptionsregulation bei der Differenzierung von Plasmazellen. Nucleic Acids Research, 2017. Den Artikel anzeigen
- DNA-Reparatur-Score sagt Überleben bei multiplem Myelom voraus. Oncotarget, 2014. Den Artikel anzeigen
Ausbildung & Kollaborationen
Alboukadel hat aktiv mit führenden akademischen und Forschungseinrichtungen in Europa und den Vereinigten Staaten zusammengearbeitet und an mehreren Projekten in den Bereichen Onkologie, Immunologie und Bioinformatik mitgewirkt.
- Weill Cornell Medical College, New York, USA - Forschungskooperationen und Schulungen zur NGS-Datenanalyse (2015 & 2016)
- Europäisches Laboratorium für Molekularbiologie (EMBL), Heidelberg, Deutschland - Schulung zu NGS (2014)
- Deutsche Multiple Myelom-Gruppe, Heidelberg - Langfristige Forschungszusammenarbeit (2007-2014)
- Multiple Myeloma European OVER-MYR project - Gemeinsames Forschungsprojekt zur Überwindung klinischer Rückfälle beim Multiplen Myelom (2012-2015)
- SIRIC Montpellier Cancer, Montpellier - Zusammenarbeit im Krebsforschungsnetz (2013-2014)
Veröffentlichungen und Ressourcen
Bücher & Tutorials:
- Grundlagen des maschinellen Lernens
- Praktischer Leitfaden zur Clusteranalyse in R
- R-Grafik-Grundlagen für großartige Datenvisualisierung
- Alle Bücher anzeigen
Grundlegende Plattformen:
- datanovia.com - Tutorien in R, Python, maschinellem Lernen, Bioinformatik und Bioinformatik
- sthda.com - R-basierte statistische Leitfäden
Verbinden und kollaborieren
Alboukadel Kassambara leistet weiterhin einen Beitrag zum sich entwickelnden Bereich der Computerbiologie und Datenwissenschaft, wobei seine Arbeit darauf abzielt, komplexe biologische Daten in aussagekräftige Erkenntnisse zu übersetzen, die medizinische Innovationen, Präzisionsmedizin und KI-gestützte digitale Pathologie unterstützen.