Alboukadel Kassambara
Biologiste computationnel et expert en science des données
Découvrez le parcours d’Alboukadel Kassambara, expert de renom en biologie computationnelle qui combine science des données avancée, apprentissage automatique, bio-informatique et biostatistique pour stimuler la recherche innovante, la découverte de biomarqueurs, la médecine de précision et les ressources d’apprentissage en libre accès.
Profil professionnel
Alboukadel Kassambara, PhD, est un biologiste computationnel et scientifique des données de premier plan qui possède plus de dix ans d’expérience dans le développement de pipelines bioinformatiques, l’apprentissage automatique, la biostatistique et l’intégration de données multi-omiques.
Son travail consiste à traduire des données biologiques et cliniques à grande échelle en informations exploitables, afin de favoriser la découverte de biomarqueurs, la modélisation pronostique et les applications de pathologie numérique en médecine de précision.
Fondateur de datanovia.com et STHDA.com, Alboukadel se passionne pour la démocratisation de la science des données grâce à des outils open source et des ressources d’apprentissage complètes.
Expertise principale
Compétences techniques
- Automatisation des flux de travail en bio-informatique et pipelines reproductibles
- IA et apprentissage automatique appliqués à la génomique, à la transcriptomique et à la pathologie numérique
- Analyse spatiale et pathologie numérique basée sur l’IA pour le profilage immunitaire et la découverte de biomarqueurs
- Découverte de biomarqueurs immuno-oncologiques et intégration de données multi-omiques
- Modélisation de signatures pronostiques et prédictives
- Analyse biostatistique et visualisation
- Direction et mentorat d’équipes scientifiques interfonctionnelles, comprenant des ingénieurs en IA et des bio-informaticiens
Parcours professionnel
Rôle actuel
Directeur associé, Biologie computationnelle chez Veracyte (2023 - présent)
- Direction de la recherche en découverte basée sur l’IA et l’apprentissage automatique
- Développement de signatures biomarqueurs prédictives pour la stratification des patients
- Mise en œuvre de modèles d’apprentissage profond pour la prédiction de l’infiltration immunitaire
- Supervision de projets interdisciplinaires en biologie computationnelle
Réalisations significatives
- Création d’un cadre d’intégration de données multi-omiques pour la stratification des patients et la modélisation pronostique
- Développement de signatures pronostiques cfRNA robustes pour la prise de décision clinique
- Co-développement de la méthode brevetée Immunoscore-IC (US20250035635A1)
- Prédiction de l’infiltration immunitaire (Immunoscore-AI) dans le cancer du sein à l’aide de l’apprentissage profond
- Conférencier à l’European Congress of Digital Pathology (ECDP) 2024 sur l’IA interprétable et l’Immunoscore-AI
Formation
- Doctorat en biologie du cancer et bio-informatique (2007-2011)
- INSERM, Montpellier, France
- Spécialisé dans l’identification de biomarqueurs et de cibles thérapeutiques potentielles dans le myélome multiple
- Master en santé et biologie (2005–2007)
- Université Joseph Fourier, Grenoble, France
Contributions open source
Alboukadel est un contributeur prolifique à l’écosystème de programmation R et le fondateur de nombreux outils open source largement utilisés:
ggpubr
Créer des graphiques prêts à être publiés avec un minimum de code
factoextra
Rationaliser l'analyse et la visualisation des données multivariées
survminer
Améliorer l'analyse de survie avec des visualisations élégantes
rstatix
Effectuer des tests statistiques à l'aide d'une syntaxe cohérente et conviviale
Impact de la recherche
- Plus de 40 publications évaluées par des pairs (ResearchGate)
- 4 brevets dans le domaine de la découverte de biomarqueurs et de l’immunothérapie (Google Patents)
- Conférencier principal lors de conférences internationales, notamment le Congrès européen de pathologie numérique (ECDP2024)
Publications sélectionnées
Les contributions scientifiques d’Alboukadel comprennent des publications influentes à la croisée de l’immuno-oncologie, de l’intégration de données multi-omiques, de la transcriptomique et de la biologie du cancer.
- Immunoscore, point de contrôle immunitaire et prédiction de l’efficacité de l’immunothérapie dans le cancer du poumon non à petites cellules. EBioMedicine, 2023. Afficher l’article
- Infiltration lymphocytaire tumorale et inhibiteurs de points de contrôle immunitaires dans le cancer colorectal métastatique (étude AtezoTRIBE). Journal for Immunotherapy of Cancer, 2023. Afficher l’article
- FOLFOXIRI en première intention associé au bevacizumab avec ou sans atezolizumab dans le cancer colorectal métastatique (essai de phase 2 AtezoTRIBE). The Lancet Oncology, 2023. Afficher l’article
- Veracyte Biopharma Atlas : apprentissage automatique pour capturer la structure immunitaire des tumeurs. Cancer Research, AACR Poster, 2023. Afficher l’article
- Score pronostique basé sur le séquençage d’ARN dans le myélome multiple. Journal of Personalized Medicine, 2021. Afficher l’article
- Paysage mutationnel dans les lignées cellulaires du myélome multiple. Theranostics, 2019. Afficher l’article
- La dissection des données de séquençage de l’ARN de la différenciation des cellules plasmatiques humaines révèle de nouveaux régulateurs potentiels de la transcription. Frontiers in Immunology, 2018. Afficher l’article
- miRNA et régulation transcriptionnelle dans la différenciation des plasmocytes. Nucleic Acids Research, 2017. Afficher l’article
- Le score de réparation de l’ADN prédit la survie dans le myélome multiple. Oncotarget, 2014. Afficher l’article
Formation et collaborations
Alboukadel a collaboré activement avec des institutions universitaires et de recherche de premier plan en Europe et aux États-Unis, contribuant à de multiples projets en oncologie, immunologie et bio-informatique.
- Weill Cornell Medical College, New York, États-Unis — Collaborations de recherche et formation sur l’analyse des données NGS (2015 et 2016)
- Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL), Heidelberg, Allemagne — Formation sur le NGS (2014)
- Groupe allemand sur le myélome multiple, Heidelberg — Collaboration de recherche à long terme (2007-2014)
- Projet européen OVER-MYR sur le myélome multiple — Projet de recherche collaborative visant à surmonter les récidives cliniques dans le myélome multiple (2012-2015)
- SIRIC Montpellier Cancer, Montpellier — Collaboration avec un réseau de recherche sur le cancer (2013-2014)
Publications et ressources
Livres et tutoriels:
- L’essentiel de l’apprentissage automatique
- Guide pratique de l’analyse par grappes dans R
- R Graphics Essentials for Great Data Visualization
- Voir tous les livres
Plateformes fondatrices:
- datanovia.com — Tutoriels sur R, Python, l’apprentissage automatique, la bio-informatique et la bio-informatique
- sthda.com — Guides statistiques basés sur R
Connectez-vous et collaborez
Alboukadel Kassambara continue de contribuer à l’évolution du domaine de la biologie computationnelle et de la science des données. Ses travaux visent à traduire des données biologiques complexes en informations significatives qui soutiennent l’innovation médicale, la médecine de précision et la pathologie numérique basée sur l’IA.