Magnifique Diagramme de Venn GGPlot avec R



Magnifique Diagramme de Venn GGPlot avec R

Cet article décrit comment créer un beau diagram de Venn ggplot. Il existe plusieurs extensions du package ggplot2 R pour la création de diagramme de Venn dans R, dont les packages ggvenn et ggVennDiagram.

Les deux packages permettent de créer des graphiques de Venn avec 2 à 4 groupes ou dimensions. La principale différence entre les deux paquets est que le paquet “ggvenn” attribue une couleur spécifique à chaque groupe. Le package ggVennDiagram fait correspondre la couleur de remplissage de chaque région à une quantité, ce qui nous permet d’observer visuellement les différences entre les différentes parties.

Vous apprendrez comment créer des diagrammes de Venn dans R en utilisant les fonctions ggvenn et ggVennDiagram.



Sommaire:

Créer une donnée de démonstration

set.seed(20190708)
genes <- paste("gene",1:1000,sep="")
x <- list(
  A = sample(genes,300), 
  B = sample(genes,525), 
  C = sample(genes,440),
  D = sample(genes,350)
  )

Créer des diagrammes de Venn à l’aide du package R ggVennDiagram

Installez et chargez le package ggVennDiagram

Installer la dernière version de développement:

if (!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("gaospecial/ggVennDiagram")

Charger:

library("ggVennDiagram")

Diagramme de Venn en quatre dimensions

library("ggVennDiagram")
# Graphique par défaut
ggVennDiagram(x)

# Supprimer la couleur de fond des étiquettes
ggVennDiagram(x, label_alpha = 0)

# Changer les noms de catégories
# Changer la couleur de remplissage du dégradé
ggVennDiagram(
  x, label_alpha = 0,
  category.names = c("Stage 1","Stage 2","Stage 3", "Stage4")
  ) +
  ggplot2::scale_fill_gradient(low="blue",high = "yellow")

Diagramme de Venn en trois dimensions

ggVennDiagram(x[1:3], label_alpha = 0)

Diagramme de Venn en deux dimensions

ggVennDiagram(x[1:2], label_alpha = 0)

Créer des diagrammes de Venn à l’aide du package R ggven

Installer et charger le package ggvenn

Installer la dernière version de développement:

if (!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("yanlinlin82/ggvenn")

Charger:

library("ggvenn")

Diagramme de Venn en quatre dimensions

Notez que, la fonction ggvenn() attribue une couleur spécifique à chaque groupe.

library("ggvenn")
# Graphique par défaut
ggvenn(x)

# Changer les noms de catégories
# Changer la couleur de remplissage
names(x) <- c("Stage 1","Stage 2","Stage 3", "Stage4")
ggvenn(
  x, 
  fill_color = c("#0073C2FF", "#EFC000FF", "#868686FF", "#CD534CFF"),
  stroke_size = 0.5, set_name_size = 4
  )

Diagramme de Venn en trois dimensions

ggvenn(
  x, columns = c("Stage 1", "Stage 2", "Stage 3"),
  stroke_size = 0.5
  )

Diagramme de Venn en deux dimensions

ggvenn(
  x, columns = c("Stage 1", "Stage 2"),
  stroke_size = 0.5
  )

Conclusion

Cet article décrit comment créer un diagramme de Venn ggplot en utilisant les paquets R ggvern et ggVennDiagram.



Version: English





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