Alboukadel Kassambara
Biólogo computacional y experto en ciencia de datos
Descubra la trayectoria de Alboukadel Kassambara, un destacado experto en biología computacional que une la ciencia de datos avanzada, el aprendizaje automático, la bioinformática y la bioestadística para impulsar la investigación innovadora, el descubrimiento de biomarcadores, la medicina de precisión y los recursos de aprendizaje de libre acceso.
Perfil profesional
Alboukadel Kassambara, doctor en Biología, es un destacado biólogo computacional y científico de datos con más de una década de experiencia en el desarrollo de procesos bioinformáticos, aprendizaje automático, bioestadística e integración de datos multiómicos.
Su trabajo se centra en traducir datos biológicos y clínicos a gran escala en conocimientos prácticos, impulsando el descubrimiento de biomarcadores, la modelización pronóstica y las aplicaciones de la patología digital en la medicina de precisión.
Fundador de datanovia.com y STHDA.com, Alboukadel es un apasionado de la democratización de la ciencia de datos a través de herramientas de código abierto y recursos de aprendizaje completos.
Competencias principales
Capacidades técnicas
- Automatización de flujos de trabajo bioinformáticos y procesos reproducibles
- IA y aprendizaje automático aplicados a la genómica, la transcriptómica y la patología digital
- Análisis espacial y patología digital impulsada por IA para la elaboración de perfiles inmunológicos y el descubrimiento de biomarcadores
- Descubrimiento de biomarcadores inmuno-oncológicos e integración de datos multiómicos
- Modelado de firmas pronósticas y predictivas
- Análisis y visualización bioestadística
- Liderazgo y tutoría de equipos científicos multifuncionales, incluidos ingenieros de IA y bioinformáticos
Trayectoria profesional
Función actual
Director asociado de Biología Computacional en Veracyte (2023 - actualidad)
- Investigación puntera en descubrimiento impulsado por IA/aprendizaje automático
- Desarrollo de firmas de biomarcadores predictivos para la estratificación de pacientes
- Implementación de modelos de aprendizaje profundo para la predicción de la infiltración inmunitaria
- Supervisión de proyectos interdisciplinarios de biología computacional
Logros significativos
- Creación de un marco de integración de datos multiómicos para la estratificación de pacientes y la modelización pronóstica
- Desarrollo de firmas pronósticas robustas de cfRNA para la toma de decisiones clínicas
- Co-desarrollo del método patentado Immunoscore-IC (US20250035635A1)
- Predicción de la infiltración inmunitaria (Immunoscore-AI) en el cáncer de mama mediante aprendizaje profundo
- Ponente oral en el Congreso Europeo de Patología Digital (ECDP) 2024 sobre IA interpretable e Immunoscore-AI
Formación académica
- Doctor en Biología del Cáncer y Bioinformática (2007-2011)
- INSERM, Montpellier, Francia
- Especializado en la identificación de biomarcadores y posibles dianas terapéuticas en el mieloma múltiple
- Máster en Salud y Biología (2005-2007)
- Universidad Joseph Fourier, Grenoble, Francia
Contribuciones de código abierto
Alboukadel es un prolífico colaborador del ecosistema de programación R y fundador de numerosas herramientas de código abierto ampliamente utilizadas:
ggpubr
Cree gráficos listos para su publicación con un código mínimo
factoextra
Agilice el análisis y la visualización de datos multivariantes
survminer
Mejore el análisis de supervivencia con elegantes visualizaciones
rstatix
Realice pruebas estadísticas con una sintaxis coherente y fácil de usar con tuberías
Impacto de la investigación
- Más de 40 publicaciones revisadas por pares (ResearchGate)
- 4 patentes en descubrimiento de biomarcadores e inmunoterapia (Google Patents)
- Ponente principal en conferencias internacionales, incluido el Congreso Europeo de Patología Digital (ECDP2024)
Publicaciones seleccionadas
Las contribuciones científicas de Alboukadel incluyen publicaciones de gran impacto en la intersección de la inmuno-oncología, la integración de datos multiómicos, la transcriptómica y la biología del cáncer.
- Immunoscore, punto de control inmunitario y predicción de la eficacia de la inmunoterapia en el cáncer de pulmón no microcinético. EBioMedicine, 2023. Mostrar el artículo
- Infiltración de linfocitos tumorales e inhibidores de puntos de control inmunitario en el cáncer colorrectal metastásico (estudio AtezoTRIBE). Journal for Immunotherapy of Cancer, 2023. Mostrar el artículo
- FOLFOXIRI plus bevacizumab con o sin atezolizumab en el cáncer colorrectal metastásico (ensayo AtezoTRIBE fase 2). The Lancet Oncology, 2023. Mostrar el artículo
- Veracyte Biopharma Atlas: aprendizaje automático para capturar la contextura inmunitaria de los tumores. Cancer Research, póster de la AACR, 2023. Mostrar el artículo
- Puntuación pronóstica basada en RNA-Seq en el mieloma múltiple. Journal of Personalized Medicine, 2021. Mostrar el artículo
- Panorama mutacional en líneas celulares de mieloma múltiple. Theranostics, 2019. Mostrar el artículo
- El análisis basado en datos de secuenciación del ARN de la diferenciación de las células plasmáticas humanas revela nuevos reguladores potenciales de la transcripción. Frontiers in Immunology, 2018. Mostrar el artículo
- miARN y regulación transcripcional en la diferenciación de células plasmáticas. Nucleic Acids Research, 2017. Mostrar el artículo
- La puntuación de reparación del ADN predice la supervivencia en el mieloma múltiple. Oncotarget, 2014. Mostrar el artículo
Formación y colaboraciones
Alboukadel ha colaborado activamente con instituciones académicas y de investigación líderes en Europa y Estados Unidos, contribuyendo a múltiples proyectos en oncología, inmunología y bioinformática.
- Weill Cornell Medical College, Nueva York, EE. UU. — Colaboraciones en investigación y formación sobre análisis de datos NGS (2015 y 2016)
- Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL), Heidelberg, Alemania — Formación en NGS (2014)
- Grupo Alemán de Mieloma Múltiple, Heidelberg — Colaboración en investigación a largo plazo (2007-2014)
- Proyecto europeo OVER-MYR sobre el mieloma múltiple — Proyecto de investigación colaborativa para superar la recaída clínica en el mieloma múltiple (2012-2015)
- SIRIC Montpellier Cancer, Montpellier — Colaboración en una red de investigación sobre el cáncer (2013-2014)
Publicaciones y recursos
Libros y tutoriales:
- Fundamentos del aprendizaje automático
- Guía práctica para el análisis de clústeres en R
- Fundamentos de R Graphics para una visualización de datos excelente
- Ver todos los libros
Plataformas fundadoras:
- datanovia.com — Tutoriales en R, Python, aprendizaje automático, bioinformática y bioinformática
- sthda.com — Guías estadísticas basadas en R
Conecta y colabora
Alboukadel Kassambara sigue contribuyendo al campo en constante evolución de la biología computacional y la ciencia de datos, con su trabajo destinado a traducir datos biológicos complejos en conocimientos significativos que respaldan la innovación médica, la medicina de precisión y la patología digital impulsada por la inteligencia artificial.