R Markdown et génération de rapports dans VS Code

Q: Comment générer (knit) un document R Markdown dans VS Code ?

Ouvrez la Palette de commandes (Ctrl+Shift+P / Cmd+Shift+P), recherchez R Markdown et lancez la commande de génération (knit) — l’extension vscode-R appelle rmarkdown::render() et écrit la sortie à côté de votre .Rmd. Vous pouvez aussi générer depuis une console R avec rmarkdown::render("report.Rmd").

Q: Puis-je générer du PDF et du Word depuis VS Code ?

Oui. Définissez la clé YAML output: sur pdf_document ou word_document et générez. Le PDF nécessite en plus un moteur LaTeX — installez TinyTeX avec tinytex::install_tinytex(). Le HTML et le Word ne requièrent que Pandoc, fourni par une installation manuelle de Pandoc ou avec Quarto.

Q: Quelle est la différence entre R Markdown et Quarto — lequel utiliser ?

Ils partagent le même modèle de rédaction (du récit accompagné de blocs exécutables) et ce workflow fonctionne pour les deux. Quarto est le successeur plus récent et multilangage, et le meilleur choix par défaut pour les nouveaux documents ; R Markdown reste entièrement pris en charge et les fichiers .Rmd existants continuent de fonctionner. Voir Quarto for R Markdown users.

Q: Ai-je besoin de RStudio pour écrire des rapports R Markdown ?

Non. RStudio est pratique car il intègre Pandoc et un bouton knit, mais R Markdown n’est que le paquet R rmarkdown accompagné de Pandoc. Avec l’extension vscode-R et Pandoc installés, VS Code vous offre la même boucle créer-exécuter-générer.

Q: Comment prévisualiser le rapport HTML pendant que je l’édite ?

Installez l’extension Live Preview et ouvrez le .html généré avec Show Preview ; il se rafraîchit à chaque nouvelle génération. Si vous utilisez plutôt Quarto, l’extension Quarto prévisualise et régénère automatiquement à l’enregistrement.

Rédigez, prévisualisez et générez des rapports R Markdown / Quarto sans quitter VS Code.

Générez des rapports reproductibles depuis R dans VS Code — rédigez des documents R Markdown ou Quarto, prévisualisez-les en direct, insérez et exécutez des blocs de code, et générez du HTML, du PDF et du Word. Le workflow de rapport que vous connaissez avec RStudio, dans VS Code.

Date de publication

8 juillet 2026

Modifié

9 juillet 2026

Points clés

Le workflow de rapport de RStudio fonctionne dans VS Code. Avec l’extension vscode-R et le paquet rmarkdown, vous rédigez un document, exécutez les blocs en ligne et le générez sous forme de rapport final — même boucle, éditeur différent.
Deux éléments requis en plus de R : le paquet rmarkdown (install.packages("rmarkdown")) et Pandoc pour la conversion de format. La sortie PDF nécessite en outre un moteur LaTeX — TinyTeX est le plus simple.
Exécutez les blocs au fil de la rédaction. Ctrl/Cmd+Shift+Enter exécute le bloc courant ; Ctrl/Cmd+Enter exécute la ligne sélectionnée — la sortie s’affiche en ligne, exactement comme le mode notebook de RStudio.
Générez depuis la Palette de commandes en HTML, PDF ou Word — le format de sortie est défini dans l’en-tête YAML, et l’extension Live Preview affiche la mise à jour du HTML au fil de vos modifications.
Utilisez Quarto pour les nouveaux projets. Quarto est le successeur de R Markdown — même modèle de rédaction, un seul outil en ligne de commande unifié — et l’extension Quarto pour VS Code vous offre un bouton de génération en un clic. Les fichiers .Rmd existants continuent de fonctionner.

Introduction

Vous venez de terminer une analyse dans VS Code — un script rempli de modèles et de graphiques — et vous devez maintenant la transmettre à un collègue sous forme de document soigné, et non d’un mur de sorties de console. C’est précisément le rôle de R Markdown : il tisse votre récit, votre code R et ses résultats en un seul rapport reproductible que vous pouvez générer en HTML, PDF ou Word.

Si vous l’avez déjà fait dans RStudio, le workflow présenté ici est celui que vous connaissez déjà — écrire des blocs, les exécuter en ligne, cliquer sur générer. Cette leçon le met en place de bout en bout dans VS Code : installer les composants, créer votre premier document, exécuter les blocs de code au fil de la rédaction, prévisualiser le résultat en direct et générer un rapport final dans le format dont vous avez besoin.

Cette leçon suppose que votre environnement R dans VS Code est déjà fonctionnel. Si ce n’est pas le cas, configurez-le d’abord avec Configurer R dans VS Code — il vous faut R, l’extension vscode-R et un terminal R fonctionnel avant que les rapports puissent être générés.

Ce dont vous aurez besoin

Les rapports nécessitent trois choses en plus de l’installation de R : le paquet rmarkdown, Pandoc et — uniquement pour le PDF — un moteur LaTeX. Voici l’ensemble de la chaîne d’outils avant de commencer.

Outil	Rôle	Requis ?
rmarkdown	Le paquet R qui transforme `.Rmd` en rapport	Requis
extension vscode-R (`REditorSupport.r`)	Exécution des blocs, coloration syntaxique, commande de génération	Requis
Pandoc	Convertit le Markdown généré en HTML / Word / PDF	Requis
TinyTeX (un LaTeX léger)	Nécessaire uniquement pour la sortie PDF	Pour le PDF
Live Preview	Prévisualisation à rafraîchissement automatique de la sortie HTML	Optionnel

Installez le paquet R depuis une console R (le terminal R classique, ou la Palette de commandes — Ctrl+Shift+P — puis R: Create R terminal) :

install.packages("rmarkdown")

Pandoc se charge du gros du travail : transformer votre document généré en HTML, Word ou PDF. RStudio en intègre une copie, mais pas VS Code — installez donc Pandoc vous-même, ou installez Quarto (abordé plus bas), qui embarque son propre Pandoc. Pour le PDF, ajoutez un moteur LaTeX ; TinyTeX est le plus léger, et R l’installe pour vous :

install.packages("tinytex")
tinytex::install_tinytex()

Astuce

Utilisateurs Windows : si un paquet échoue à se compiler depuis les sources, installez d’abord Rtools — il fournit la chaîne d’outils de compilation dont certains paquets ont besoin.

R Markdown ou Quarto ?

Les deux font le même travail — du récit accompagné de code exécutable, produit sous forme de document — et cette leçon s’applique à l’un comme à l’autre. La différence pratique : Quarto est le successeur nouvelle génération et multilangage de R Markdown, maintenu par la même équipe, et c’est là que se concentre le développement futur. R Markdown ne va pas disparaître et chaque fichier .Rmd existant continue de fonctionner, mais pour un nouveau rapport, Quarto est le meilleur choix par défaut (voir le guide officiel Quarto for R Markdown users).

L’installation est quasi identique. Pour Quarto, installez l’outil depuis quarto.org/download et ajoutez l’extension Quarto pour VS Code — elle vous offre un bouton Render, une prévisualisation côte à côte en direct et l’exécution des blocs directement (détails dans le guide Quarto pour VS Code). Les fichiers utilisent l’extension .qmd au lieu de .Rmd, et la clé YAML output: devient format:.

Le reste de cette leçon utilise R Markdown (.Rmd) car c’est ce qu’emploient la plupart des projets existants ; chaque étape se transpose directement à Quarto. Si vous souhaitez démarrer de zéro avec Quarto, la série Créer des documents avec Quarto la couvre en profondeur.

Créez votre premier document R Markdown

Créez un nouveau fichier (File > New File) et enregistrez-le avec l’extension .Rmd — par exemple report.Rmd. Un document R Markdown comporte deux parties : un en-tête YAML (YAML Ain’t Markup Language) qui définit les métadonnées et le format de sortie, et un corps qui mêle de la prose Markdown à des blocs de code R délimités.

Commencez par l’en-tête. Il est délimité par trois tirets en haut et en bas ; output: html_document indique à rmarkdown de générer du HTML :

---
title: "Monthly Sales Report"
author: "Your Name"
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
---

Le `r Sys.Date()` dans le champ de date est du code R en ligne — il insère automatiquement la date du jour à chaque génération (voir plus bas).

Sous l’en-tête, rédigez votre rapport. La prose est du simple Markdown ; le code se place dans un bloc délimité qui s’ouvre par ```{r} et se ferme par ```. Une étiquette et des options facultatives suivent le r :

## Overview

A short summary of the analysis.

```{r summary-stats}
summary(cars)
```

## Speed vs. stopping distance

```{r speed-plot, echo=FALSE}
plot(cars$speed, cars$dist,
     xlab = "Speed (mph)", ylab = "Stopping distance (ft)")
```

Ici, summary-stats et speed-plot sont des étiquettes de bloc (utiles pour la navigation et la mise en cache), et echo=FALSE masque le code du rapport final tout en l’exécutant et en affichant sa sortie.

Exécutez les blocs de code au fil de la rédaction

Vous n’avez pas besoin de générer tout le document pour voir le résultat d’un bloc — exécutez les blocs de manière interactive pendant que vous rédigez, exactement comme le mode notebook de RStudio. L’extension vscode-R envoie le code au terminal R attaché et affiche la sortie sous le bloc.

Exécuter le bloc courant : Ctrl+Shift+Enter (Windows/Linux) ou Cmd+Shift+Enter (macOS).
Exécuter une ligne ou une sélection : placez le curseur sur une ligne, ou sélectionnez un bloc, puis Ctrl+Enter (Cmd+Enter sur macOS).

La sortie — tableaux, valeurs affichées et graphiques — apparaît immédiatement dans le terminal et la visionneuse de graphiques, ce qui vous permet de valider chaque étape avant de générer le rapport.

Un document R Markdown dans VS Code : un bloc de code est exécuté et sa sortie s’affiche en ligne, à côté du rapport généré.

Générez le rapport

Lorsque le document est prêt, générez-le sous forme de fichier final. Ouvrez la Palette de commandes (Ctrl+Shift+P / Cmd+Shift+P), recherchez R Markdown et lancez la commande de génération (knit). L’extension appelle rmarkdown::render() en coulisses et écrit la sortie à côté de votre .Rmd.

Le format de sortie provient de l’en-tête YAML — modifiez output: pour le changer :

output: html_document   # a web page (default)

output: pdf_document    # a PDF (needs a LaTeX engine, e.g. TinyTeX)

output: word_document   # a Microsoft Word .docx

Vous pouvez aussi générer directement depuis une console R, ce qui est pratique dans les scripts et sur les serveurs :

rmarkdown::render("report.Rmd")

Avec Quarto (.qmd), l’extension Quarto ajoute un bouton Render et le raccourci Ctrl+Shift+K ; depuis un terminal, c’est quarto render report.qmd.

Un rapport généré assemble votre prose, votre code et vos figures en un seul document — la même analyse que vous avez exécutée de manière interactive, désormais reproductible de bout en bout :

Un rapport R Markdown d’analyse de données généré dans VS Code, montrant du texte narratif entremêlé de sorties de code et d’un graphique.

Prévisualisez le rapport en direct

Pour la sortie HTML, vous ne voulez pas régénérer et rouvrir le fichier après chaque modification. Installez l’extension Live Preview, puis ouvrez le .html généré avec Show Preview — il se rafraîchit dans un volet de VS Code à chaque nouvelle génération, de sorte que vous voyez le rapport prendre forme à côté de votre source.

Le rapport HTML généré, prévisualisé en direct dans un volet de VS Code, se mettant à jour à mesure que le document source change.

Avec Quarto, la prévisualisation intégrée de l’extension le fait automatiquement — elle surveille le fichier et le régénère à l’enregistrement.

Personnalisez la sortie

L’essentiel de l’apparence du rapport se définit dans l’en-tête YAML. Voici quelques options que vous utiliserez souvent :

output:
  html_document:
    toc: true              # add a table of contents
    toc_float: true        # float it beside the content
    theme: cosmo           # a Bootstrap theme
    code_folding: hide     # collapsible code blocks

toc: true construit une table des matières à partir de vos titres ; theme: redéfinit le style de tout le document. Pour un document Quarto, la même idée se trouve sous format: html: avec des clés comme toc: true et theme: cosmo.

Vous pouvez aussi rendre un rapport paramétré — transmettre des valeurs au moment de la génération au lieu de les coder en dur :

params:
  data_file: "sales.csv"
  region: "EU"

Référencez-les n’importe où dans le document avec params$data_file et params$region, puis générez différentes versions à partir de la même source en surchargeant les paramètres dans rmarkdown::render().

Code R en ligne pour du contenu dynamique

Les nombres qui figurent au sein des phrases doivent se mettre à jour d’eux-mêmes. Entourez du code R d’accents graves simples préfixés par r, et il est évalué puis inséré dans la prose au moment de la génération :

As of `r Sys.Date()`, the dataset contains `r nrow(cars)` observations.

Lorsque les données sous-jacentes changent, la phrase change avec elles — aucune modification manuelle, et aucun risque que le texte contredise l’analyse.

Bonnes pratiques

Quelques habitudes permettent de garder les rapports volumineux rapides et lisibles.

Nommez vos blocs. Un bloc nommé ({r import-data}) est plus facile à retrouver, et les étiquettes sont requises pour la mise en cache et les renvois entre figures.
Mettez en cache les étapes coûteuses. Ajoutez cache=TRUE pour qu’un calcul lent ne se réexécute que lorsque son code change — un gain de temps considérable pendant que vous peaufinez la prose :
```
```{r fit-model, cache=TRUE}
model <- lm(mpg ~ wt + hp, data = mtcars)
```
```
Contrôlez la visibilité par bloc. echo=FALSE masque le code mais conserve sa sortie ; include=FALSE exécute le code mais n’affiche rien (idéal pour un bloc de configuration) ; message=FALSE et warning=FALSE font taire le bavardage des paquets. Définissez une fois pour toutes les valeurs par défaut de l’ensemble du projet dans un bloc de configuration :
```
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, warning = FALSE, message = FALSE)
```
```

Problèmes fréquents

« pandoc: command not found » (ou la génération s’arrête avant de produire un fichier). rmarkdown a besoin de Pandoc, et VS Code — contrairement à RStudio — ne l’intègre pas. Installez Pandoc (ou installez Quarto, qui l’inclut) et rechargez la fenêtre.

La sortie PDF échoue avec une erreur LaTeX. La génération PDF nécessite un moteur LaTeX. Installez TinyTeX depuis R avec install.packages("tinytex") puis tinytex::install_tinytex(), et générez de nouveau — le premier PDF peut marquer une brève pause le temps de récupérer les paquets LaTeX manquants.

Les blocs ne s’exécutent pas / aucune sortie ne s’affiche en ligne. Le document n’est pas rattaché à une session R. Démarrez-en une depuis la Palette de commandes (R: Create R terminal), vérifiez que l’indicateur de surveillance de session dans la barre d’état affiche un identifiant de processus, puis exécutez le bloc. Cela fait partie de l’installation de base de R — voir Configurer R dans VS Code si le terminal lui-même refuse de démarrer.

Questions fréquentes

Comment générer (knit) un document R Markdown dans VS Code ?

Ouvrez la Palette de commandes (Ctrl+Shift+P / Cmd+Shift+P), recherchez R Markdown et lancez la commande de génération (knit) — l’extension vscode-R appelle rmarkdown::render() et écrit la sortie à côté de votre .Rmd. Vous pouvez aussi générer depuis une console R avec rmarkdown::render("report.Rmd").

Puis-je générer du PDF et du Word depuis VS Code ?

Oui. Définissez la clé YAML output: sur pdf_document ou word_document et générez. Le PDF nécessite en plus un moteur LaTeX — installez TinyTeX avec tinytex::install_tinytex(). Le HTML et le Word ne requièrent que Pandoc, fourni par une installation manuelle de Pandoc ou avec Quarto.

Quelle est la différence entre R Markdown et Quarto — lequel utiliser ?

Ils partagent le même modèle de rédaction (du récit accompagné de blocs exécutables) et ce workflow fonctionne pour les deux. Quarto est le successeur plus récent et multilangage, et le meilleur choix par défaut pour les nouveaux documents ; R Markdown reste entièrement pris en charge et les fichiers .Rmd existants continuent de fonctionner. Voir Quarto for R Markdown users.

Ai-je besoin de RStudio pour écrire des rapports R Markdown ?

Non. RStudio est pratique car il intègre Pandoc et un bouton knit, mais R Markdown n’est que le paquet R rmarkdown accompagné de Pandoc. Avec l’extension vscode-R et Pandoc installés, VS Code vous offre la même boucle créer-exécuter-générer.

Comment prévisualiser le rapport HTML pendant que je l’édite ?

Installez l’extension Live Preview et ouvrez le .html généré avec Show Preview ; il se rafraîchit à chaque nouvelle génération. Si vous utilisez plutôt Quarto, l’extension Quarto prévisualise et régénère automatiquement à l’enregistrement.

Testez vos connaissances

Tâche. Vous avez rédigé un rapport, exécuté chaque bloc avec succès dans le terminal et défini output: html_document. Le HTML se génère sans problème. Mais lorsque vous passez à output: pdf_document et générez, cela échoue en cours de route avec une erreur LaTeX. Qu’est-ce qui manque, et comment y remédier — sans toucher à votre code R ?

Indice

Le HTML et le PDF passent par des back-ends différents une fois le code exécuté. Le HTML n’a besoin que de Pandoc ; le PDF requiert un outil supplémentaire qui transforme le document en page composée.

Solution

Il manque un moteur LaTeX — la sortie PDF est composée avec LaTeX, ce que le HTML n’utilise pas. Installez TinyTeX depuis R :

install.packages("tinytex")
tinytex::install_tinytex()

Générez ensuite de nouveau. Le premier PDF peut marquer une brève pause le temps que TinyTeX télécharge les paquets LaTeX spécifiques dont votre document a besoin ; ensuite, c’est rapide. Votre code R et vos blocs restent intacts — seul le back-end PDF a changé.

Vérification rapide

Vous voulez que la sortie d’un bloc de code (un graphique) apparaisse dans le rapport final, mais vous ne voulez pas que le lecteur voie le code R qui l’a produite. Quelle option de bloc permet cela ?

A. include=FALSE B. echo=FALSE C. eval=FALSE

Afficher la réponse

B. echo=FALSE masque le code mais l’exécute quand même et affiche sa sortie — exactement ce que vous voulez pour une figure. include=FALSE (A) exécute le code mais n’affiche rien, de sorte que le graphique disparaîtrait aussi ; eval=FALSE (C) n’exécute pas du tout le code, il n’y a donc aucun graphique à afficher.

Conclusion

La génération de rapports dans VS Code, c’est la boucle RStudio que vous connaissez déjà, assemblée à partir de quelques éléments supplémentaires : le paquet rmarkdown, Pandoc et — pour le PDF — TinyTeX. Créez un .Rmd, exécutez les blocs en ligne pendant que vous rédigez, prévisualisez le HTML en direct et générez du HTML, du PDF ou du Word depuis la Palette de commandes. Pour les nouveaux projets, tournez-vous vers Quarto et son extension VS Code, qui réunissent les étapes de génération et de prévisualisation en un seul bouton tout en conservant le même modèle de rédaction. Dans les deux cas, vous obtenez un document reproductible unique qui réunit votre récit, votre code et ses résultats.

Leçons connexes

Configurer R dans VS Code — installez R, l’extension vscode-R et un terminal fonctionnel, le prérequis pour générer des rapports. · Créer des documents avec Quarto — le successeur moderne de R Markdown, couvert en profondeur. · Sortie HTML avec Quarto — thèmes, table des matières et repliage du code pour un rapport web soigné. · Choisir un IDE pour R et Python — comment VS Code se compare à RStudio pour la production de rapports.
Pour aller plus loin : R dans VS Code — la série complète. · Science computationnelle et IA — le pilier.

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Note

Cette leçon est un guide de rapports reproductibles : chaque commande, en-tête YAML et bloc de code montré ci-dessus est exactement ce que vous écrivez dans votre propre fichier .Rmd / .qmd et exécutez dans VS Code — copiez n’importe quel bloc et utilisez-le pour reproduire ces rapports sur votre machine. The runtime is the judge.

Réutilisation

CC BY-NC-SA 4.0

Citation

BibTeX

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Veuillez citer ce travail comme suit :

“R Markdown et génération de rapports dans VS Code.” 2026. July 8. https://www.datanovia.com/learn/programming/r-in-vscode/r-markdown-and-report-generation-in-vscode.