Alboukadel Kassambara
Biólogo computacional e especialista em ciência de dados
Descubra a jornada de Alboukadel Kassambara, um dos principais especialistas em biologia computacional que une ciência de dados avançada, aprendizado de máquina, bioinformática e bioestatística para impulsionar a pesquisa de inovação, a descoberta de biomarcadores, a medicina de precisão e os recursos de aprendizado de acesso aberto.
Perfil profissional
Alboukadel Kassambara, PhD, é um importante biólogo computacional e cientista de dados com mais de uma década de experiência em desenvolvimento de pipeline de bioinformática, aprendizado de máquina, bioestatística e integração de dados multiômica.
Ele tem um sólido histórico na descoberta de biomarcadores prognósticos e preditivos, traduzindo conjuntos de dados biológicos e clínicos em larga escala em percepções acionáveis que apoiam medicina de precisão, estratificação de risco e previsão de resposta ao tratamento.
Seu trabalho une a biologia computacional, a patologia digital e a modelagem baseada em IA para a tomada de decisões orientadas por biomarcadores.
Fundador do datanovia.com e do STHDA.com, Alboukadel é apaixonado pela democratização da ciência de dados por meio de ferramentas de código aberto e recursos abrangentes de aprendizado.
Especialização principal
Capacidades técnicas
- Automação do fluxo de trabalho de bioinformática e pipelines reproduzíveis
- IA e aprendizado de máquina aplicados à genômica, transcriptômica e patologia digital
- Análise espacial e patologia digital alimentada por IA para criação de perfis imunológicos e descoberta de biomarcadores
- Descoberta de biomarcadores de imuno-oncologia e integração de dados multi-ômicos
- Modelagem de assinatura prognóstica e preditiva
- Análise e visualização bioestatística
- Liderança e orientação de equipes científicas multifuncionais, incluindo engenheiros de IA e bioinformatas
Jornada profissional
Função atual
Diretor Associado, Biologia Computacional na Veracyte (2023 - Presente)
- Liderança de pesquisa de descoberta orientada por IA/aprendizado de máquina
- Desenvolvimento de assinaturas de biomarcadores preditivos para estratificação de pacientes
- Implementação de modelos de aprendizado profundo para previsão de infiltração imunológica
- Supervisão de projetos interdisciplinares de biologia computacional
Conquistas significativas
- Criação de estrutura de integração de dados multiômica para estratificação de pacientes e modelagem de prognóstico
- Desenvolvimento de assinaturas prognósticas robustas de cfRNA para tomada de decisões clínicas
- Co-desenvolvimento do método patenteado Immunoscore-IC (US20250035635A1)
- Previsão de infiltração imunológica (Immunoscore-AI) em câncer de mama usando aprendizagem profunda
- Apresentador oral no Congresso Europeu de Patologia Digital (ECDP) 2024 sobre IA interpretável e Immunoscore-AI
Formação acadêmica
- Doutorado em Biologia do Câncer e Bioinformática (2007-2011)
- INSERM, Montpellier, França
- Especializado na identificação de biomarcadores e possíveis alvos terapêuticos no mieloma múltiplo
- Mestrado em Saúde e Biologia (2005-2007)
- Universidade Joseph Fourier, Grenoble, França
Contribuições de código aberto
Alboukadel é um colaborador prolífico do ecossistema de programação R e o fundador de muitas ferramentas de código aberto amplamente utilizadas:
ggpubr
Crie gráficos prontos para publicação com o mínimo de código
factoextra
Simplifique a análise e a visualização de dados multivariados
survminer
Aprimore a análise de sobrevivência com visualizações elegantes
rstatix
Realize testes estatísticos com uma sintaxe consistente e fácil de usar
Impacto da pesquisa
- Mais de 40 publicações revisadas por pares (ResearchGate)
- 4 patentes em descoberta de biomarcadores e imunoterapia (Google Patents)
- Palestrante principal em conferências internacionais, incluindo o Congresso Europeu de Patologia Digital (ECDP2024)
Publicações selecionadas
As contribuições científicas de Alboukadel incluem publicações de impacto na interseção de imuno-oncologia, integração de dados multi-ômicos, transcriptômica e biologia do câncer.
- Ponto de controle imunológico Immunoscore e previsão da eficácia da imunoterapia em NSCLC. EBioMedicine, 2023. Exibir o artigo
- Infiltração de linfócitos tumorais e inibidores do ponto de verificação imunológico no câncer colorretal metastático (estudo AtezoTRIBE). Journal for Immunotherapy of Cancer, 2023. Exibir o artigo
- Upfront FOLFOXIRI plus bevacizumab with or without atezolizumab in metastatic colorectal cancer (AtezoTRIBE phase 2 trial). The Lancet Oncology, 2023. Exibir o artigo
- Veracyte Biopharma Atlas: aprendizado de máquina para capturar o contexto imunológico do tumor. Cancer Research, AACR Poster, 2023. Exibir o artigo
- Avaliação da distribuição espacial e das interações célula a célula no microambiente do tumor, dentro e entre lâminas seriadas coradas com Brightplex®, um ensaio multiplex cromogênico sequencial. Journal for ImmunoTherapy of Cancer, 2022. Exibir o artigo
- Pontuação prognóstica baseada em RNA-Seq em mieloma múltiplo. Journal of Personalized Medicine, 2021. Exibir o artigo
- Paisagem mutacional em linhas celulares de mieloma múltiplo. Theranostics, 2019. Exibir o artigo
- A dissecação orientada por dados de sequenciamento de RNA da diferenciação de células plasmáticas humanas revela novos reguladores de transcrição em potencial. Frontiers in Immunology, 2018. Exibir o artigo
- MiRNA e regulação transcricional na diferenciação de células plasmáticas. Nucleic Acids Research, 2017. Exibir o artigo
- O escore de reparo do DNA prevê a sobrevivência no mieloma múltiplo. Oncotarget, 2014. Exibir o artigo
Ver todas as publicações selecionadas Exibir a lista completa de publicações no ResearchGate
Resumos científicos em destaque
Abaixo estão resumos selecionados que ilustram as contribuições de Alboukadel Kassambara para a integração de multiômica, análise espacial e desenvolvimento de biomarcadores preditivos na pesquisa do câncer.
Treinamento e colaborações
Alboukadel tem colaborado ativamente com as principais instituições acadêmicas e de pesquisa da Europa e dos Estados Unidos, contribuindo para vários projetos em oncologia, imunologia e bioinformática.
- Weill Cornell Medical College, Nova York, EUA - Colaborações de pesquisa e treinamento em análise de dados NGS (2015 e 2016)
- Laboratório Europeu de Biologia Molecular (EMBL), Heidelberg, Alemanha - Treinamento em NGS (2014)
- Grupo Alemão de Mieloma Múltiplo, Heidelberg - Colaboração em pesquisa de longo prazo (2007-2014)
- Projeto europeu de mieloma múltiplo OVER-MYR - Projeto de pesquisa colaborativa para superar a recaída clínica no mieloma múltiplo (2012-2015)
- SIRIC Montpellier Cancer, Montpellier - Colaboração em rede de pesquisa de câncer (2013-2014)
Publicações e recursos
Livros e tutoriais:
- Fundamentos de aprendizado de máquina
- Guia prático para análise de cluster em R
- Fundamentos de gráficos em R para excelente visualização de dados
- Ver todos os livros
Plataformas fundadoras:
- datanovia.com - Tutoriais em R, Python, aprendizado de máquina, bioinformática e bioinformática
- sthda.com - Guias estatísticos baseados em R
Conecte-se e colabore
Alboukadel Kassambara continua a contribuir para o campo em evolução da biologia computacional e da ciência de dados, com seu trabalho voltado para a tradução de dados biológicos complexos em percepções significativas que apoiam a inovação médica, a medicina de precisão e a patologia digital baseada em IA.