Collignon A, Kassambara A, Trinh A, Chamourin M, Culley G, Olive M, Jaume C, Benchaaben A, Galon J, Fieschi J. 957 Évaluation de la distribution spatiale et des interactions cellule-cellule dans le micro-environnement tumoral, à l'intérieur et entre des lames sériées colorées avec Brightplex®, un test multiplex chromogénique séquentiel. Journal for ImmunoTherapy of Cancer. 2022. Poster #957, SITC Annual Meeting. Voir le résumé
Résumé de l’étude
La caractérisation précise du microenvironnement tumoral (TME), y compris la distribution et les interactions des cellules immunitaires, est cruciale pour améliorer les résultats de l’immunothérapie. Cette étude présente un outil d’analyse spatiale construit autour de Brightplex® multiplex IHC, de la pathologie numérique et de l’analyse personnalisée basée sur R.
Principales contributions:
Développement de fonctions d’analyse spatiale à l’aide du progiciel R
spatstat, notamment:- Métriques de proximité
- scores d’interaction de la fonction G
- Cartographie spatiale basée sur la densité du noyau (heatmap)
Analyse spatiale intégrée sur des lames sériées colorées avec des panneaux multiplex Brightplex® distincts
Démonstration de la proximité des Tregs avec les cellules T CD8+ et des macrophages avec les cellules tumorales en tant que prédicteurs potentiels de l’issue de la maladie
Conçu pour soutenir la prise de décision clinique et la découverte de biomarqueurs grâce à l’intégration avec le cadre Immunogramme
Dans cette étude, Alboukadel Kassambara a contribué à l’analyse et au développement du logiciel, en construisant un package R dédié à l’analyse spatiale. Il a mis en œuvre le flux de travail bioinformatique, normalisé le pipeline de données et l’a intégré à la coloration multiplex Brightplex® pour permettre une quantification spatiale robuste et reproductible des interactions entre les cellules tumorales et immunitaires.
Citation
Presentation: Poster at SITC 37th Annual Meeting
Date : Novembre 2022
Type : Présentation d’affiche
PDF : Voir le résumé
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Contributions scientifiques
Voici d’autres résumés scientifiques dont l’auteur ou le co-auteur est Alboukadel Kassambara. Ces contributions couvrent la biologie informatique, la bioinformatique, la biostatistique, l’apprentissage automatique et la multi-omique, avec un accent sur l’immuno-oncologie et la recherche translationnelle.
