Vanhille L, Kassambara A, Hamdad C, Mercadal M, Papadopoulos A, Outters P, Vasse T, Leca V, Galon J, Fieschi J. Atlas de Veracyte Biopharma pour le cancer colorectal : Combinaison d'une approche multiparamétrique et de l'apprentissage automatique pour saisir la complexité du contexte immunitaire de la tumeur. Cancer Research. 2023. Poster #5476, AACR Annual Meeting. Voir le résumé
Résumé de l’étude
La compréhension des mécanismes immunitaires dans le cancer colorectal (CCR) est essentielle pour améliorer la réponse aux immunothérapies, qui ne bénéficient qu’à une minorité de patients. Le Atlas Veracyte Biopharma représente un cadre multi-omique combinant la transcriptomique, la protéomique spatiale (Brightplex®), et la génomique pour décoder le microenvironnement immunitaire de la tumeur (TME).
Principales contributions de l’étude:
Développement d’un atlas multiparamétrique à l’aide d’outils d’apprentissage automatique:
- Analyse factorielle multimodale (MOFA)
- Cartes auto-organisatrices (SOM)
Appliqué à 47 échantillons FFPE CRC, révélant des groupes de patients avec:
- Forte infiltration de cellules immunitaires (cellules T, macrophages) et expression de gènes immunitaires
- Des tumeurs mal infiltrées avec des ratios élevés de macrophages M2/M1
L’atlas sert de carte de base pour la cartographie ultérieure des tumeurs colorectales:
- Projeter de nouvelles données sur les patients
- Construire des Immunogrammes pour soutenir des stratégies de traitement personnalisées
Dans cette étude, Alboukadel Kassambara était le premier auteur de la présentation du poster et second auteur de la soumission du résumé. Il a contribué à la conception et à la mise en œuvre de la boîte à outils d’intégration multi-comique, a effectué les analyses bioinformatiques et les visualisations de données, et a contribué à la construction de l’Atlas Veracyte Biopharma pour le cancer colorectal, intégrant la transcriptomique, la génomique et la protéomique spatiale afin de cartographier le contexte immunitaire.
Citation
Présentation : Poster à la Réunion annuelle de l’AACR, Résumé #5476
Date : 4 avril, 2023
Type : Présentation d’affiche
PDF : Voir le résumé
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Contributions scientifiques
Voici d’autres résumés scientifiques dont l’auteur ou le co-auteur est Alboukadel Kassambara. Ces contributions couvrent la biologie informatique, la bioinformatique, la biostatistique, l’apprentissage automatique et la multi-omique, avec un accent sur l’immuno-oncologie et la recherche translationnelle.
