La dissection par RNA-Seq de la différenciation des plasmocytes révèle de nouveaux régulateurs transcriptionnels

Kassambara A, Herviou L, Ovejero S, Jourdan M, Thibaut C, Vikova V, Pasero P, Elemento O, Moreaux J. La dissection de la différenciation des plasmocytes humains à partir de données de séquençage de l'ARN révèle de nouveaux régulateurs potentiels de la transcription. Leukemia. 2021. Télécharger le PDF

Résumé de l’étude

Les plasmocytes (PC) jouent un rôle central dans le système immunitaire adaptatif grâce à leur production à long terme d’anticorps. Pour comprendre le paysage transcriptionnel sous-jacent à la différenciation des plasmocytes humains (PCD), cette étude a généré un ensemble de données RNA-seq temporelles capturant plusieurs étapes de la PCD.

• 6374 gènes différentiellement exprimés ont été regroupés en quatre modèles dynamiques d’expression génique

• L’analyse de l’enrichissement des voies a permis d’identifier des processus biologiques connus et nouveaux, notamment:

  • Biosynthèse de l’hème
  • Conjugaison du glutathion

• L’étude a mis en évidence de nouveaux régulateurs transcriptionnels avec une expression ** spécifique au stade**, tels que:

  • BATF2
  • BHLHA15/MIST1
  • EZH2
  • WHSC1/MMSET
  • BLM

La validation fonctionnelle a mis en évidence le rôle de BLM dans la régulation de la prolifération et de la survie des cellules au cours de la PCD. Ces résultats définissent une feuille de route transcriptionnelle de la PCD et ouvrent de nouvelles voies pour comprendre la biologie de la PC.

Important

Dans cette étude, Alboukadel Kassambara a été le premier auteur, dirigeant le projet depuis la conception jusqu’à l’analyse et l’interprétation des données. Il a effectué l’analyse complète de l’ARN-seq, identifié les programmes transcriptionnels spécifiques à chaque étape et rédigé le manuscrit, établissant ainsi une ressource fondamentale pour la compréhension de la différenciation des plasmocytes humains.

Citation

Publication: In Leukemia
Date : 6 avril, 2021
Type : Article de revue
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Contributions scientifiques

Note

Voici d’autres résumés scientifiques dont l’auteur ou le co-auteur est Alboukadel Kassambara. Ces contributions couvrent la biologie informatique, la bioinformatique, la biostatistique, l’apprentissage automatique et la multi-omique, avec un accent sur l’immuno-oncologie et la recherche translationnelle.