La série ANOVA : comparer les moyennes de trois groupes ou plus dans R — ANOVA à un facteur, les conditions de normalité et d’égalité des variances, le F-test omnibus, et les tests post-hoc de Tukey HSD / Games-Howell — à la manière tidy de rstatix, avec le base R montré en parallèle.
Apprendre › Biostatistiques › La famille des ANOVA
Lorsque vous devez comparer les moyennes de trois groupes ou plus, le t-test ne suffit pas — l’exécuter sur chaque paire gonfle le taux de faux positifs. L’ANOVA (analyse de la variance) le fait avec un seul F-test omnibus, puis une étape post-hoc vous indique quels groupes diffèrent. Cette série couvre la famille des ANOVA à la manière tidy de rstatix, avec l’équivalent en base R montré, et visualisée avec ggpubr.
Le chemin le plus rapide : faites de votre variable de groupement un facteur, exécutez anova_test() pour le F-test omnibus, et lisez la p-value sur une boîte à moustaches qui l’affiche sur le panneau :
library(ggpubr)
library(rstatix)
tg <- ToothGrowth
tg$dose <- factor(tg$dose)
ggboxplot(tg, x = "dose", y = "len", fill = "dose", palette = "jco",
xlab = "Vitamin C dose (mg)", ylab = "Tooth length") +
labs(subtitle = get_test_label(tg %>% anova_test(len ~ dose), detailed = TRUE))
library(rstatix)
tg <- ToothGrowth
tg$dose <- factor(tg$dose)
tg %>% anova_test(len ~ dose)ANOVA Table (type II tests)
Effect DFn DFd F p p<.05 ges
1 dose 2 57 67.416 9.53e-16 * 0.703Une petite p-value et une grande taille d’effet ges disent ensemble : la dose change réellement la longueur des dents — exécutez maintenant un test post-hoc pour voir quelles doses diffèrent.
Cette série couvre l’ANOVA à un facteur (conditions, F-test, Tukey HSD + post-hoc de Games-Howell), l’alternative non paramétrique de Kruskal-Wallis, l’ANOVA à deux facteurs et à mesures répétées, et un guide de décision « quel test dois-je utiliser ? ».
Demandez à Prova « ces groupes ont-ils des moyennes différentes, et quelles paires diffèrent ? » — elle répond avec du code rstatix que vous pouvez exécuter sur vos propres données, puis vous aide à lire le F-test, la taille d’effet et le tableau post-hoc. The runtime is the judge. Demander à Prova →
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