Vanhille L, Kassambara A, Hamdad C, Mercadal M, Papadopoulos A, Outters P, Vasse T, Leca V, Galon J, Fieschi J. Atlas da Veracyte Biopharma para câncer colorretal: Combinando a abordagem multiparâmetro e o aprendizado de máquina para capturar a complexidade do contexto imunológico do tumor. Cancer Research. 2023. Poster #5476, AACR Annual Meeting. Ver Resumo
Resumo do estudo
A compreensão dos mecanismos imunológicos no câncer colorretal é fundamental para melhorar a resposta às imunoterapias, que beneficiam apenas uma minoria dos pacientes. O Atlas da Veracyte Biopharma representa uma estrutura multiômica que combina transcriptômica, proteômica espacial (Brightplex®) e genômica para decodificar o microambiente imunológico do tumor (TME).
Principais contribuições do estudo:
Desenvolveu um atlas multiparâmetro usando ferramentas de aprendizado de máquina:
- Análise de fator multimodal (MOFA)
- Mapas auto-organizáveis (SOMs)
Aplicado a 47 amostras de CRC FFPE, revelando grupos de pacientes com:
- Alta infiltração de células imunológicas (células T, macrófagos) e expressão de genes imunológicos
- Tumores pouco infiltrados com proporções elevadas de macrófagos M2/M1
O atlas serve como um mapa de base para a posterior:
- Projetar novos dados de pacientes
- Criou imunogramas para apoiar estratégias de tratamento personalizadas
Nesse estudo, Alboukadel Kassambara foi o primeiro autor da apresentação do pôster e segundo autor da submissão do resumo. Ele contribuiu para o projeto e a implementação da caixa de ferramentas de integração multiômica, realizou as análises de bioinformática e visualizações de dados e contribuiu para a construção do Atlas da Veracyte Biopharma para câncer colorretal, integrando transcriptômica, genômica e proteômica espacial para mapear o contexto imunológico.
Citação
Apresentação: Pôster na Reunião Anual da AACR, Resumo #5476
Data: 4 de abril, 2023
Tipo: Apresentação de pôster
PDF: Ver Resumo
Contribuições científicas
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