Vanhille L, Kassambara A, Hamdad C, Mercadal M, Papadopoulos A, Outters P, Vasse T, Leca V, Galon J, Fieschi J. Atlas de Veracyte Biopharma para el cáncer colorrectal: Combinación de un enfoque multiparamétrico y aprendizaje automático para captar la complejidad del contexto inmunitario tumoral. Cancer Research. 2023. Poster #5476, AACR Annual Meeting. Ver resumen
Resumen del estudio
Comprender los mecanismos inmunitarios en cáncer colorrectal (CCR) es fundamental para mejorar la respuesta a las inmunoterapias, que sólo benefician a una minoría de pacientes. El Atlas Veracyte Biopharma representa un marco multiómico que combina la transcriptómica, la proteómica espacial (Brightplex®) y la genómica para descifrar el microambiente inmunitario tumoral (TME).
Contribuciones clave del estudio:
Desarrollado un atlas multiparamétrico utilizando herramientas de aprendizaje automático:
- Análisis factorial multimodal (MOFA)
- Mapas autoorganizativos (SOM)
Aplicado a 47 muestras FFPE de CCR, revela grupos de pacientes con:
- Alta infiltración de células inmunes (células T, macrófagos) y expresión de genes inmunes
- Tumores poco infiltrados con elevadas proporciones de macrófagos M2/M1
El atlas sirve como mapa fundacional para el posterior:
- Proyectar nuevos datos de pacientes
- Construir inmunogramas para apoyar estrategias de tratamiento personalizadas
En este estudio, Alboukadel Kassambara fue el primer autor de la presentación del póster y segundo autor de la presentación del resumen. Contribuyó al diseño e implementación de la multiómica integration toolbox, realizó los análisis bioinformáticos y visualizaciones de datos, y contribuyó a la construcción del Atlas Veracyte Biopharma para cáncer colorrectal, integrando transcriptómica, genómica y proteómica espacial para mapear la contextura inmune.
Cita
Presentación: Póster en la Reunión anual de la AACR, Resumen #5476
Fecha: 4 de abril, 2023
Tipo: Presentación en póster
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Contribuciones científicas
Aquí hay más resúmenes científicos de los que es autor o coautor Alboukadel Kassambara. Estas contribuciones abarcan la biología computacional, la bioinformática, la bioestadística, el aprendizaje automático y la multiómica, con especial atención a la inmuno-oncología y la investigación traslacional.
