Collignon A, Kassambara A, Trinh A, Chamourin M, Culley G, Olive M, Jaume C, Benchaaben A, Galon J, Fieschi J. 957 Avaliação da distribuição espacial e das interações célula a célula no microambiente do tumor, dentro e entre lâminas seriadas coradas com Brightplex®, um ensaio multiplex cromogênico sequencial. Journal for ImmunoTherapy of Cancer. 2022. Poster #957, SITC Annual Meeting. Ver Resumo
Resumo do estudo
A caracterização precisa do microambiente tumoral (TME), incluindo a distribuição e as interações das células imunológicas, é crucial para melhorar os resultados da imunoterapia. Este estudo apresenta uma ferramenta de análise espacial criada com base em Brightplex® multiplex IHC, patologia digital e análise personalizada baseada em R.
Principais contribuições:
Desenvolveu recursos de análise espacial usando o pacote
spatstatR, incluindo:- Métricas de proximidade
- Pontuações de interação de função G
- Mapeamento espacial baseado em densidade de kernel (mapa de calor)
Análise espacial integrada em lâminas seriadas coradas com painéis multiplex Brightplex® distintos
Demonstrou a proximidade de Tregs com células T CD8+ e macrófagos com células tumorais como possíveis preditores de resultados
Projetado para dar suporte à tomada de decisões clínicas e descoberta de biomarcadores por meio da integração com a estrutura do Immunogram
Neste estudo, Alboukadel Kassambara contribuiu para a análise e desenvolvimento de software, criando um pacote R dedicado para análise espacial. Ele implementou o fluxo de trabalho de bioinformática, padronizou o pipeline de dados e o integrou à coloração multiplex Brightplex® para permitir a quantificação espacial robusta e reproduzível das interações entre células imunes e tumorais.
Citação
Presentation: Poster at SITC 37th Annual Meeting
Data: novembro 2022
Tipo: Apresentação de pôster
PDF: Ver Resumo
Contribuições científicas
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