Kassambara A, Rème T, Jourdan M, Fest T, Hose D, Tarte K, Klein B. GenomicScape: Una herramienta web fácil de usar para el análisis de datos de expresión génica. Aplicación para Investigar los Eventos Moleculares en la Diferenciación de las Células B en Células Plasmáticas. PLoS Computational Biology. 2015. Descargar el PDF
Resumen del estudio
Los microarrays de ADN han hecho avanzar significativamente nuestra comprensión de los procesos biológicos y las enfermedades. A pesar de la abundancia de datos transcriptómicos públicos, faltan herramientas de análisis fáciles de usar. Este estudio presenta GenomicScape, una plataforma web gratuita que permite:
- Extracción de conjuntos de datos de diversas plataformas de micromatrices
- Identificación de genes expresados diferencialmente entre poblaciones celulares
- Realización de análisis de agrupaciones y vías
- Exportación de perfiles de expresión, tablas y figuras
Utilizando GenomicScape, construimos un atlas molecular de diferenciación de células B utilizando perfiles transcriptómicos de:
Células B ingenuas, centroblastos, centrocitos, células B de memoria, preplasmoblastos, plasmoblastos, células plasmáticas tempranas y células plasmáticas de médula ósea.
La plataforma muestra genes y vías asociados a cada etapa y proporciona herramientas interactivas de agrupación. Los investigadores también pueden cargar sus propios conjuntos de datos para explorarlos.
En este estudio, Alboukadel Kassambara fue responsable del diseño y desarrollo completo de la aplicación web GenomicScape, incluida la integración de R con un marco PHP/MySQL. Estandarizó y cargó los conjuntos de datos transcriptómicos, implementó herramientas de análisis interactivas y contribuyó a que la plataforma fuera accesible para el análisis de expresión génica en tiempo real en la diferenciación de células B y plasmáticas.
Cita
Publication: In PLoS Computational Biology
Fecha: 29 de enero, 2015
Tipo: Artículo de revista
PDF: Descargar el PDF
< Volver a todos los resúmenes
Contribuciones científicas
Aquí hay más resúmenes científicos de los que es autor o coautor Alboukadel Kassambara. Estas contribuciones abarcan la biología computacional, la bioinformática, la bioestadística, el aprendizaje automático y la multiómica, con especial atención a la inmuno-oncología y la investigación traslacional.
