Kassambara A, Rème T, Jourdan M, Fest T, Hose D, Tarte K, Klein B. GenomicScape : Un outil Web facile à utiliser pour l'analyse des données d'expression génétique. Application à l'étude des événements moléculaires dans la différenciation des cellules B en cellules plasmatiques. PLoS Computational Biology. 2015. Télécharger le PDF
Résumé de l’étude
Les puces à ADN ont considérablement fait progresser notre compréhension des processus biologiques et des maladies. Malgré l’abondance des données transcriptomiques publiques, des outils d’analyse conviviaux font défaut. Cette étude présente GenomicScape, une plateforme web gratuite qui permet d’analyser les données transcriptomiques des cellules B:
- Extraction d’ensembles de données provenant de diverses plates-formes de microréseaux
- Identification des gènes différentiellement exprimés entre les populations cellulaires
- Réalisation d’analyses de regroupement et de voies d’accès
- Exportation de profils d’expression, de tableaux et de figures
En utilisant GenomicScape, nous avons construit un atlas moléculaire de la différenciation des cellules B en utilisant les profils transcriptomiques de:
Cellules B naïves, centroblastes, centrocytes, cellules B mémoires, préplasmablastes, plasmablastes, cellules plasmatiques précoces et cellules plasmatiques de la moelle osseuse.
La plateforme génère des gènes et des voies associés à chaque stade et fournit des outils interactifs de regroupement. Les chercheurs peuvent également télécharger leurs propres ensembles de données à des fins d’exploration.
Dans cette étude, Alboukadel Kassambara était responsable de la conception et du développement complet de l’application web GenomicScape, y compris l’intégration de R avec un cadre PHP/MySQL. Il a normalisé et téléchargé les ensembles de données transcriptomiques, mis en œuvre des outils d’analyse interactifs et contribué à rendre la plateforme accessible pour l’analyse en temps réel de l’expression génique dans la différenciation des cellules B et des cellules plasmatiques.
Citation
Publication: In PLoS Computational Biology
Date : 29 janvier, 2015
Type : Article de revue
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Contributions scientifiques
Voici d’autres résumés scientifiques dont l’auteur ou le co-auteur est Alboukadel Kassambara. Ces contributions couvrent la biologie informatique, la bioinformatique, la biostatistique, l’apprentissage automatique et la multi-omique, avec un accent sur l’immuno-oncologie et la recherche translationnelle.
