Kassambara A, Rème T, Jourdan M, Fest T, Hose D, Tarte K, Klein B. GenomicScape: Ein benutzerfreundliches Webtool für die Analyse von Genexpressionsdaten. Anwendung zur Untersuchung der molekularen Vorgänge bei der Differenzierung von B-Zellen in Plasmazellen. PLoS Computational Biology. 2015. PDF herunterladen
Zusammenfassung der Studie
DNA-Mikroarrays haben unser Verständnis von biologischen Prozessen und Krankheiten erheblich verbessert. Trotz einer Fülle von öffentlich zugänglichen transkriptomischen Daten fehlt es an benutzerfreundlichen Analysewerkzeugen. Diese Studie stellt GenomicScape vor, eine kostenlose webbasierte Plattform, die es ermöglicht:
- Auswertung von Datensätzen aus verschiedenen Microarray-Plattformen
- Identifizierung von unterschiedlich exprimierten Genen zwischen Zellpopulationen
- Durchführung von Clustering und Pfadanalysen
- Exportieren von Expressionsprofilen, Tabellen und Abbildungen
Mit Hilfe von GenomicScape haben wir einen molekularen Atlas der B-Zell-Differenzierung erstellt, der transkriptomische Profile von:
Naive B-Zellen, Zentroblasten, Zentrozyten, Gedächtnis-B-Zellen, Präplasmablasten, Plasmablasten, frühe Plasmazellen und Plasmazellen des Knochenmarks.
Die Plattform gibt Gene und Signalwege aus, die mit jedem Stadium assoziiert sind, und bietet interaktive Clustering-Tools. Forscher können auch ihre eigenen Datensätze zur Erforschung hochladen.
In dieser Studie war Alboukadel Kassambara für das Design und die vollständige Entwicklung der GenomicScape-Webanwendung verantwortlich, einschließlich der Integration von R mit einem PHP/MySQL-Framework. Er standardisierte und lud die transkriptomischen Datensätze hoch, implementierte interaktive Analysetools und trug dazu bei, die Plattform für die Echtzeit-Genexpressionsanalyse bei der Differenzierung von B-Zellen und Plasmazellen zugänglich zu machen.
Zitat
Publication: In PLoS Computational Biology
Datum: Januar 29, 2015
Typ: Zeitschriftenartikel
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Wissenschaftliche Beiträge
Hier sind weitere wissenschaftliche Abstracts, die von Alboukadel Kassambara verfasst oder mitverfasst wurden. Diese Beiträge umfassen computergestützte Biologie, Bioinformatik, Biostatistik, maschinelles Lernen und Multi-Omics, mit Schwerpunkt auf Immuno-Onkologie und translationaler Forschung.
