Collignon A, Kassambara A, Trinh A, Chamourin M, Culley G, Olive M, Jaume C, Benchaaben A, Galon J, Fieschi J. 957 Evaluación de la distribución espacial y las interacciones célula-célula en el microambiente tumoral, dentro y entre portaobjetos seriados teñidos con Brightplex®, un ensayo multiplex cromogénico secuencial. Journal for ImmunoTherapy of Cancer. 2022. Poster #957, SITC Annual Meeting. Ver resumen
Resumen del estudio
La caracterización precisa del microambiente tumoral (TME), incluyendo la distribución y las interacciones de las células inmunes, es crucial para mejorar los resultados de la inmunoterapia. Este estudio presenta una herramienta de análisis espacial creada en torno a Brightplex® multiplex IHC, patología digital y análisis personalizado basado en R.
Principales contribuciones:
Funciones de análisis espacial desarrolladas utilizando el paquete R
spatstat, incluyendo:- Métricas de proximidad
- puntuaciones de interacción de función G
- Mapeo espacial basado en la densidad del núcleo (mapa de calor)
Análisis espacial integrado en portaobjetos seriados teñidos con distintos paneles Brightplex® multiplex
Demostrada la proximidad de Tregs a células T CD8+ y de macrófagos a células tumorales como potenciales predictores de resultados
Diseñado para apoyar la toma de decisiones clínicas y el descubrimiento de biomarcadores mediante la integración con el marco Immunogram
En este estudio, Alboukadel Kassambara contribuyó al análisis y desarrollo de software, construyendo un paquete R dedicado para el análisis espacial. Implementó el flujo de trabajo de bioinformática, estandarizó la canalización de datos y la integró con la tinción múltiplex Brightplex® para permitir una cuantificación espacial sólida y reproducible de las interacciones tumor-célula inmunitaria.
Cita
Presentation: Poster at SITC 37th Annual Meeting
Fecha: Noviembre 2022
Tipo: Presentación en póster
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Contribuciones científicas
Aquí hay más resúmenes científicos de los que es autor o coautor Alboukadel Kassambara. Estas contribuciones abarcan la biología computacional, la bioinformática, la bioestadística, el aprendizaje automático y la multiómica, con especial atención a la inmuno-oncología y la investigación traslacional.
