Räumliche Verteilung und Zellinteraktionskartierung in Tumoren mit Brightplex®

Collignon A, Kassambara A, Trinh A, Chamourin M, Culley G, Olive M, Jaume C, Benchaaben A, Galon J, Fieschi J. 957 Bewertung der räumlichen Verteilung und der Zell-zu-Zell-Interaktionen in der Mikroumgebung des Tumors innerhalb und zwischen seriellen Objektträgern, die mit Brightplex®, einem sequentiellen chromogenen Multiplex-Assay, gefärbt wurden. Journal for ImmunoTherapy of Cancer. 2022. Poster #957, SITC Annual Meeting. Abstract anzeigen

Zusammenfassung der Studie

Eine genaue Charakterisierung der Tumormikroumgebung (TME), einschließlich der Verteilung von Immunzellen und deren Interaktionen, ist für die Verbesserung der Immuntherapie-Ergebnisse von entscheidender Bedeutung. In dieser Studie wird ein räumliches Analysetool vorgestellt, das auf Brightplex® Multiplex IHC, digitaler Pathologie und angepasster R-basierter Analytik basiert.

Wichtige Beiträge:

• Entwicklung von Funktionen für die räumliche Analyse unter Verwendung des spatstat R-Pakets, einschließlich:

  • Metriken der Annäherung
  • G-Funktions-Interaktions-Scores
  • Kernel-Dichte (Heatmap)-basiertes räumliches Mapping

• Integrierte räumliche Analyse über serielle Objektträger, die mit verschiedenen Brightplex®-Multiplex-Panels gefärbt wurden

• Nachweis der Nähe von Tregs zu CD8+ T-Zellen und Makrophagen zu Tumorzellen als potenzielle Prädiktoren für das Ergebnis

• Entwickelt zur Unterstützung der klinischen Entscheidungsfindung und der Entdeckung von Biomarkern durch Integration mit dem Immunogram Framework

Wichtig

In dieser Studie trug Alboukadel Kassambara zur Analyse und Softwareentwicklung bei, indem er ein spezielles R-Paket für räumliche Analysen entwickelte. Er implementierte den Bioinformatik-Workflow, standardisierte die Datenpipeline und integrierte sie mit der Brightplex®-Multiplex-Färbung, um eine robuste, reproduzierbare räumliche Quantifizierung von Tumor-Immunzell-Interaktionen zu ermöglichen.

Zitat

Presentation: Poster at SITC 37th Annual Meeting
Datum: November 2022
Typ: Poster Präsentation
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Wissenschaftliche Beiträge

Hinweis

Hier sind weitere wissenschaftliche Abstracts, die von Alboukadel Kassambara verfasst oder mitverfasst wurden. Diese Beiträge umfassen computergestützte Biologie, Bioinformatik, Biostatistik, maschinelles Lernen und Multi-Omics, mit Schwerpunkt auf Immuno-Onkologie und translationaler Forschung.